Содержание к диссертации
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ 7
ВВЕДЕНИЕ 8
ГЛАВА 1. ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР. ЭПИДЕМИОЛОГИЯ И
МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОЛОГИЯ ПНЕВМОКОККОВЫХ ИНФЕКЦИЙ 21
1.1 .Распространенность пневмококковой инфекции, факторы риска ... 21
1.2.1 .Факторы риска развития пневмококковой инфекции 23
1.2.2.Факторы риска заболевания в случае заражения 23
1.2.2.1.Возраст как фактор риска заболевания пневмококковой
инфекцией 24
1.2.2.2.Роль соматической патологии в развитии
пневмококковых инфекций 25
1.2.2.3.Роль нарушения иммунного статуса в развитии
пневмококковых инфекций 26
1.2.2.4.Пребывание в закрытом коллективе как фактор риска
заболевания пневмококковой инфекцией 28
1.2.3.Факторы риска заражения пневмококковой инфекцией 28
1.2.3.1 .Носительство S.pneumoniae 28
1.2.3.2.Факторы риска по формированию носительства
S.pneumoniae 29
1.3.Клинические формы пневмококковых инфекций 33
1 АМикробиологическая характеристика S.pneumoniae для оценки
риска формирования эпидемического варианта 34
1.4Л .Факторы вирулентности S.pneumoniae 35
1.4.2.0собенности антимикробной резистентности пневмококков .... 38
1 ^.Распространение эпидемического варианта S.pneumoniae 45
1.6.Геном S.pneumoniae 48
1.6.1 .Характеристика генома S.pneumoniae 49
1.6.2.Исследование роли отдельных элементов генома S.pneumoniae
методом сравнительной геномной гибридизации 53
1.6.2.1 .Неконсервативные элементы ДНК пневмококка 53
1.6.2.2.Некодирующие участки ДНК пневмококка 55
1.6.2.3.Повторяющиеся элементы генома S.pneumoniae 56
1.6.3. Значение исследований генома S.pneumoniae в системе молекулярно-эпидемиологического мониторинга пневмококковых
инфекций 58
1.6.3.1.16SpPHK типирование 58
1.6.3.2.Мозаичные гены S.pneumoniae 58
1.6.3.3.Мультилокусное сиквенстипирование (MLST) 59
1 .б.ЗАГенетические маркеры ply и lytA 60
1.6.3.5.Другие генетические маркеры 62
1.7.Эпидемиологический надзор за пневмококковыми инфекциями "^
1.7.1.Оценка риска распространения эпидемического варианта в
системе эпидемиологического надзора за пневмококковыми ,
инфекциями
1.7.1.1 .Серотипирование штаммов S.pneumoniae "4
1.7.1.2.Генетические методы эпидемиологического надзора за ,_
д. 67
пневмококковой инфекцией
1.8. Современные аспекты диагностики пневмококковой инфекции .... "8
1.8.1 .Молекулярно-биологические методы в диагностике
пневмококковых инфекций
1.9,Основные аспекты микробиологических и эпидемиологических
исследований пневмококковой инфекции при планировании ,
противоэпидемических мероприятий
ГЛАВА П. НАПРАВЛЕНИЯ, КОНТИНГЕНТ, МАТЕРИАЛ И
МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ 80
2.1 .Направления исследований 80
2.2.Контингент исследования 88
2.3.Материал для исследования 90
2.3.1 .Клинический материал п0
2.3.2.Тест-штаммы о^
2.4.Методы исследования 92
2.4.1.Выделение, идентификация и дальнейшее изучение
биологических свойств культур S.pneumoniae 93
2.5.Определение чувствительности к антибиотикам 94
2.5.1 .Диско-диффузионный метод 94
2.5.2.Метод серийных разведений 94
2.5.3.Определение детерминант резистентности к антибиотикам
методом ПЦР Р5
2.6.Серотипирование штаммов S.pneumoniae 97
2.7.Мультилокусное сиквенстипирование MLST 98
2.8.Анализ полиморфизма длин рестрицированных фрагментов 99
2.8.1 .Подготовка клинических образцов для исследования 100
2.8.2.Выделение ДНК микроорганизмов из исследуемых образцов 100
2.8.3.ПЦР идентификация штаммов пневмококка 101
2.9.Исследование вирулентности 104
2.10.Статистическая обработка 105
2.10.1.Статистическая обработка цифровых показателей 106
2.10.2.Оценка роли сопутствующих заболеваний 109
ГЛАВА III. ЗАБОЛЕВАЕМОСТЬ ПНЕВМОКОККОВЫМИ
ИНФЕКЦИЯМИ В РАЗЛИЧНЫХ ГРУППАХ НАСЕЛЕНИЯ ш
3.1.Эпидемиологические особенности инвазивных пневмококковых
инфекций 115
3.2.Эпидемиологические особенности неинвазивных пневмококковых
инфекций 126
ГЛАВА IV. АНАЛИЗ ПОЛИМОРФИЗМА ДЛИН КОНЦЕВЫХ
РЕСТРИКЦИОННЫХ ФРАГМЕНТОВ NCR-УЧАСТКА ДНК
S. PNEUMONIAE 137
4.1 .Характеристика NCR фрагмента ДНК S.pneumoniae 137
4.2.Анализ полиморфизма длин концевых рестрикционных
фрагментов ДНК S.pneumoniae 146
ГЛАВА V. МОНИТОРИНГ ФОРМИРОВАНИЯ РЕЗИСТЕНТНОСТИ
К АНТИБИОТИКАМ ПОПУЛЯЦИЙ S.PNEUMONIAE 177
5.1.Характеристика устойчивости к антибактериальным
химиопрепаратам штаммов S.pneumoniae, выделенных у больных
инвазивными, неинвазивными формами инфекций и у носителей 177
5.2.Особенности формирования устойчивости к антибактериальным
химиопрепаратам штаммов S.pneumoniae в различных возрастных
группах 186
5.3.Особенности серотипового состава популяции штаммов
S.pneumoniae, выделенных от больных и носителей 190
ГЛАВА VI. МИКРОБИОЛОГИЧЕСКИЕ ОСОБЕННОСТИ
ПРИМЕНЕНИЯ МЕТОДА АНАЛИЗА ПОЛИМОРФИЗМА
РЕСТРИКЦИОННЫХ ФРАГМЕНТОВ NCR УЧАСТКА ДНК
S.PNEUMONIAE 200
бЛ.Молекулярно-эпидемиологическая характеристика результатов
исследования мокроты 203
6.2.Молекулярно-эпидемиологическая характеристика обследования
носителей S.pneumoniae 210
б.З.Молекулярно-эпидемиологическая характеристика результатов
исследования отделяемого при неинвазивных формах инфекции 219
6.4.Молекулярно-эпидемиологическая характеристика результатов
исследования клинических образцов крови и ликвора при инвазивных
формах инфекции 224
6.5.Молекулярно-эпидемиологическая характеристика штаммов S.pneumoniae, диагностированных у больных инвазивными формами пневмококковых инфекций, неинвазивными формами и выделенных у
носителей 233
ГЛАВА VII. ИСЛЕДОВАНИЕ МЕТОДОМ АНАЛИЗА
ПОЛИМОРФИЗМА КОНЦЕВЫХ РЕСТРИКЦИОННЫХ
ФРАГМЕНТОВ С РЕСТРИКЦИЕЙ NCR УЧАСТКА ДНК
ПОЛИРЕЗИСТЕНТНЫХ К АНТИБИОТИКАМ ШТАММОВ
ПНЕВМОКОККА, ВЫДЕЛЕННЫХ У БОЛЬНЫХ С
ПНЕВМОКККОВЫМИ ИНФЕКЦИЯМИ 246
7.1 .Характеристика штаммов S.pneumoniae, выделенных от больных инвазивными формами инфекции, неинвазивными формами инфекции
и от носителей 261
7.1.1.Устойчивость штаммов S.pneumoniae различных TRFLP-
типов к антибактериальным химиопрепаратам 262
7.2.Особенности генотипирования штаммов S.pneumoniae различных
TRFLP- типов по основным факторам вирулентности 272
ЗАКЛЮЧЕНИЕ 282
ВЫВОДЫ 298
РЕКОМЕНДАЦИИ 301
УКАЗАТЕЛЬ ЛИТЕРАТУРЫ 303
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
А/б - антибактериальные химиопрепараты
ДИ - доверительный интервал
Н/т- нетипируемые
МИК - минимальная ингибирующая концентрация
МІЖ - минимальная подавляющая концентрация
ПЦР - полимеразная цепная реакция
ТМП -сульфаметоксазол- триметопримсульфаметоксазол
Вр - пар оснований
MLST -мультилокусное сиквенстипирование
NCR-non-coding region (некодирующий участок)
PFGE -пульс-электрофорез
Введение к работе
Актуальность: несмотря на длительное изучение, пневмококковая инфекция до сих пор остается одной из наиболее актуальных проблем внутренних болезней, являясь причиной не только отитов и синуситов, но и таких тяжелых заболеваний как пневмония, бронхит, менингит и бактериемия. Заболеваемость в Европе до сих пор составляет 16-20 человек на 100 тысяч населения, в США - пневмококковая инфекция ежегодно вызывает 5 млн. отитов, 20 тыс. случаев менингитов и бактериемии. По данным российских исследований ПеГАС-1 (фаза «А» и фаза «В» проводились НИИ антимикробной химиотерапии и Научно-методическим центром по мониторингу антибиотикорезистентности), заболеваемость пневмококковыми инфекциями колеблется от 5-6 до 16-20 случаев на 100 тысяч населения, встречаясь практически во всех социальных группах населения [38,40].
Особенную тревогу вызывает увеличение среди населения инвазив-ных форм пневмококковой инфекции, таких как менингит и бактериемия, практически во всех возрастных группах. Это во многом связано с увеличением в структуре населения удельного веса больных с такими сопутствующими заболеваниями (ко-морбидностью) в анамнезе как туберкулез, гематологическая или онкологическая патология, ВИЧ и т.п., приводящей к выраженному снижению иммунного статуса. Однако, до настоящего времени отсутствуют достоверные результаты эпидемиологических исследований пневмококковых инфекций в различных группах населения с учетом сопутствующих заболеваний в анамнезе (ко-морбидности), несмотря на то, что предложенные в настоящее время эпидемиологические методики с вычислением интегративного показателя, в частности, индексов ко-морбидности [М.Е. Charleson, 1989; М. Liu, 1993; Н. Johns, 1996] позволяют оценить выживаемость (удельный вес выживших в группах пациентов с различными
сопутствующими заболеваниями).
Кроме того, практически не исследуются региональные особенности серотипового состава популяции штаммов пневмококков; уровень устойчивости к антибактериальным химиопрепратам штаммов, выделенных у больных с различной ко-морбидностью, условия и характер циркуляции, а также генотипические и фенотипические особенности штаммов Streptococcus pneumoniae, что определило бы эпидемиологическую значимость пневмококковых инфекций.
Отсутствие достоверных данных по этим аспектам снижает возможности рациональной коррекции эмпирической антибактериальной химиотерапии и назначения антибиотиков с учетом индивидуальных особенностей пациента в каждом конкретном регионе, что ведет к необоснованным экономическим потерям.
Во многом сложность изучения эпидемиологии пневмококковых инфекций обусловлена несовершенством применяемых в настоящее время в России классических методов диагностики и серотипирования [38]. Предложенные методы молекулярно-генетической диагностики, такие как пульс-электрофорез (PFGE), полимеразная цепная реакция (ПНР) повторяющихся ВОХ-последовательностей (BOX-PCR), случайная амплификация полиморфной ДНК (RAPD), при потенциально высокой, по сравнению с классическим культуральным методом, разрешающей способности, не могут одновременно обеспечить задач микробиологической диагностики и эпидемиологического надзора за пневмококковыми инфекциями и требуют последовательного применения, что не всегда доступно и экономически обоснованно [Р.С. Козлов, 2004; P.W.M.Hennans et al., 1995].
Достаточно популярным методом в молекулярной эпидемиологии является метод анализа полиморфизма длин рестрикционных фрагментов (RFLP) геномной ДНК с использованием различных гибридизационных
зондов. RFLP обладает высокой воспроизводимостью и дискриминирующей способностью, однако требует подращивания материала, сама процедура длительна, требует сложного оснащения и высокой квалификации персонала. Кроме того, в случае диагностики пневмококковой инфекции отсутствует однозначное мнение не только по поводу характера гибридизацион-ных зондов, но и по поводу достаточно информативного видо-, а тем более и штаммоспецифического молекулярного маркера. Это обусловлено пластичностью генома S.pneumoniae, позволяющей ему осуществлять как внутри-, так и межвидовые взаимодействия в микробной ассоциации, что ведет к трудностям микробиологической диагностики данной инфекции. Вследствие этого значительно осложняются проведение эпидемиологического надзора данной инфекции и рациональная организация противоэпидемических мероприятий.
Все выше сказанное объективно обосновывает необходимость дальнейшего совершенствования, а также поиска и разработки новых экспресс-методов диагностики и мониторинга пневмококковой инфекции в различных группах населения, прежде всего с применением генетического маркирования штаммов для решения задач эпидемиологического надзора за пневмококковыми инфекциями, включая и проведение клинического микробиологического мониторинга.
Цель работы. Изучить проявления эпидемического процесса при пневмококковых инфекциях для оптимизации профилактических и противоэпидемических мероприятий, повышения эффективности диагностики, а также рационализации региональных стандартов антимикробной химиотерапии на основании результатов исследования эпидемических и молекулярно-генетических характеристик штаммов S. pneumoniae.
Задачи исследования. На основании поставленной цели были последовательно определены следующие задачи:
Провести ретроспективный эпидемиологический анализ заболеваемости пневмококковыми инфекциями среди населения крупного субъекта Российской Федерации на примере Приморского края (1998-2005) на основе данных, полученных общепринятыми методами микробиологической диагностики S. pneumoniae.
Изучить роль факторов риска развития пневмококковых инфекций, оценить значение сопутствующих заболеваний в развитии пневмококковых инфекций при помощи современных эпидемиологических методик.
Провести клинико-микробиологический мониторинг пневмококковых инфекций с изучением особенностей формирования резистентности к антибиотикам штаммов S. pneumoniae, а также особенностей серотипового состава штаммов пневмококков, выделенных от больных с различными клиническими формами пневмококковых инфекций и от носителей.
Разработать метод выявления и дифференциации штаммов пневмококка на основе метода анализа полиморфизма длин концевых рестрикционных фрагментов некодируемого участка ДНК S. pneumoniae, провести апробацию метода, выявить его возможности и перспективы в клинической практике для диагностики пневмококковой инфекции, оценив его чувствительность и специфичность.
5) Изучить структуру популяции эпидемически опасных штаммов
S. pneumoniae, оценить их эпидемиологическую роль с изучением генетиче
ских особенностей факторов вирулентности и механизмов резистентности к
антибактериальным химиопрепаратам; при помощи предложенного вариан
та методики изучить клональное родство штаммов пневмококков, циркули-
рующих среди пациентов и носителей, с целью проведения эпидемиологического мониторинга.
Научная новизна и теоретическая значимость.
Проведено ретроспективное эпидемиологическое исследование заболеваемости инвазивными (пневмониями, менингитами, бактериемиями) и неинвазивными пневмококковыми инфекциями (отитами, синуситами) с учетом всех нозологических форм данной этиологии, отраженными в различных разделах МКБ-10.
Исследована заболеваемость пневмококковыми инфекциями с учетом наличия сопутствующих заболеваний с применением индекса ко-морбидности [Charleson ME et ah, 1989] и их влияния на развитие инфекционного процесса при пневмококковых заболеваниях; определены факторы риска развития различных форм пневмококковых инфекций, а также оценен риск формирования носительства.
Впервые экспериментально обоснован метод молекулярно-генетической диагностики пневмококковой инфекции, основанный на принципе анализа концевого полиморфизма длин рестрикционных фрагментов ДНК (TRFLP).
В качестве перспективного диагностического и молекулярно-эпидемиологического маркера штаммов S. pneumoniae изучен некодирующий участок ДНК SP_1922 и SP_1923, обозначенный как NCR (non-coding region). Охарактеризованы такие молекулярно-генетические особенности этого участка, как: фланкированность видоспецифичным геном (ген ply), приемлемый размер ампликона; а также наличие статистически значимой вариабельности рестрицируемых фрагментов.
Разработанный алгоритм применения метода анализа полиморфизма длин концевых рестрикционных фрагментов с предложенным праймером NCR позволил выделить 11 групп пневмококков, объединенных по резуль-
татам рестрикции NCR участка ДНК S. pneumoniae, что обеспечило позволяет проведение эпидемиологических исследований по выявлению источника инфекции и путей передачи.
Изучены молекулярно-биологические свойства штаммов пневмококка с оценкой вирулентности и устойчивости к антибактериальным химиопрепаратам, оценена возможность формирования и распространения эпидемических геновариантов & pneumoniae. Оценено генетическое родство выделенных штаммов, изучены эволюционные изменения популяции штаммов пневмококка с учетом генотипа и фенотипа выделенных изолятов, приводящие к формированию эпидемического варианта.
Практическая значимость работы.
На основании ретроспективного эпидемиологического анализа пневмококковых инфекций с учетом всех нозологических форм пневмококковой инфекции, отраженной в МКБ-10, на примере субъекта Российской Федерации (Приморского края), установлены доминирующие нозологические формы инфекции; оценена тенденция заболеваемости пневмококковыми инфекциями; изучены факторы риска развития заболевания пневмококковыми инфекциями и носительства.
Так, в структуре инвазивных пневмококковых инфекций лидирующее место занимает пневмококковая пневмония. Среди всех неинвазивных пневмококковых инфекций чаще регистрируются острые синуситы (или обострения хронических синуситов), острые отиты с различными осложнениями. Выраженный подъем заболеваемости, как и при инвазивных формах инфекций, отмечается у детей до 14 лет и у лиц старше 55 лет.
Уровень носительства S. pneumoniae при наличии хронической патологии увеличивается в 3 раза у детей и в 5 раз - у взрослых, что является важным фактором риска в развитии инфекционного процесса любой лока-
лизации, т.е. как инвазивных, так и неинвазивных форм пневмококковых инфекций.
Полученные данные исследования эпидемиологических особенностей пневмококковых инфекций позволяют оценивать эффективность, прогнозировать и корригировать лечение больных с пневмококковыми инфекциями, в том числе и с различными сопутствующими заболеваниями.
Впервые был исследован серотиповой состав популяции пневмококков, выделенных при различных формах пневмококковых инфекций. Установлено, что в группе штаммов, вызвавших инвазивные формы инфекции, преобладают нетипируемые 20,5 % (61/298) и редкотипируемые 11,4% (34/298) изоляты. Это составляет больше половины исследуемой популяции, вызвавшей инвазивные формы инфекции. В группе штаммов, выделенных от носителей, также наблюдается преобладание нетипируемых и редкотипируемых штаммов -соответственно 20,4 % (17/83) и 15,6 % (13/83).
Вместе с тем, при анализе серотипового состава популяции полирезистентных штаммов пневмококка, вызвавших инвазивные формы пневмококковых инфекций, отмечается несколько случаев повторного выделения штаммов серотипов 6А, 9V, 14, 19F, 23F. В группе штаммов, вызвавших не-инвазивные случаи заболевания, были выделены штаммы серотипов 6А, 23F. У носителей так же были выделены штаммы 9V, 19F серотипов.
Оценен уровень устойчивости к антимикробным химиопрепаратам штаммов S. pneumoniae различных серотипов, выделенных у больных пневмококковыми инфекциями.
Среди штаммов S. pneumoniae, вызвавших различные нозологические формы пневмококковых инфекций, развивались сходные тенденции формирования антибиотикоустойчивости, характеризовавшиеся значительной долей штаммов, резистентных к препаратам группы макролидов и фторхи-нолонов, а также к тетрациклину, клиндамицину, триметоприм-
сульфаметоксазолу, что требует коррекции стандартов проведения антибактериальной химиотерапии.
Создана региональная коллекция штаммов пневмококка, позволяющая проводить молекулярно-эпидемиологический мониторинг за пневмококковыми инфекциями.
Анализ генетической последовательности NCR фрагмента позволил применить данный участок ДНК пневмококка в качестве диагностической мишени для обнаружения S. pneumoniae.На основе метода анализа полиморфизма концевых рестрикционных фрагментов ДНК S. pneumoniae стало возможным организовать эпидемиологический надзор за пневмококковыми инфекциями. Применение этого метода для исследования различного лабораторного биологического материала, позволило выявить тенденцию идентифицируемых штаммов пневмококка к клонально-поликлональному распространению, что продемонстрировало важность изучения особенностей эпидемического геноварианта для организации эпидемиологического надзора.
Выявленные различия в фрагменте NCR позволили адаптировать
метод анализа полиморфизма концевых рестрикционных фрагментов для
диагностики пневмококковых инфекций на основе применения данного
фрагмента, исключив ложноположительные/ложноотрицательные
результаты, а также диагностировать ассоциацию нескольких штаммов пневмококка в одном клиническом образце.
Положения, выносимые на защиту. 1) В исследуемом субъекте Российской Федерации (Приморском крае) отмечен высокий уровень заболеваемости пневмококковыми инфекциями. В структуре заболеваемости инвазивных форм превалируют пневмококковые пневмонии, доминирующие у детей до 14 лет и у лиц старше 55 лет; при этом отмечается гиподиагностика менингитов пневмококковой
этиологии. В структуре неинвазивных пневмококковых инфекций чаще встречаются синуситы и отиты, преобладающие в группе детей младше 14 лет и у взрослых старше 55 лет.
Основным фактором риска развития пневмококковых инфекций является наличие сопутствующих заболеваний, что увеличивает риск носительства S. pneumoniae. Выживаемость больных инвазивными пневмококковыми инфекциями с сопутствующей патологией, оцениваемой индексом ко-морбидности около «10», составляет 55,5%; а выживаемость больных с индексом более «18» — 42,3%.
Особенности формирования устойчивости к антибактериальным химиопрепаратам, и высокий удельный вес в серотиповом составе популяции выделенных штаммов пневмококка нетипируемых изолятов обусловливают необходимость проведения регулярного молекулярно-эпидемиологического мониторинга за циркуляцией штаммов S. pneumoniae.
Проведение генотипирования с использованием метода анализа полиморфизма концевых рестрикционных фрагментов NCR участка ДНК S. pneumoniae позволяет выявить особенности распространения генетических детерминант устойчивости к антибактериальным химиопрепаратам и детерминант основных факторов вирулентности в штаммах пневмококка, принадлежащих к одному генотипу, что дает возможность выявлять эпидемический геновариант.
Применение метода анализа полиморфизма концевых рестрикционных фрагментов NCR участка ДНК S. pneumoniae позволяет решить проблему микробиологической диагностики штаммов пневмококка в разнообразном клиническом материале, диагностировать пневмококк как в монокультуре, так и в ассоциации, что обусловливает возможность рациональной организации диагностического процесса в интересах эпидемиологического надзора.
Внедрения в практическое здравоохранение.
Результаты исследования использованы при подготовке Государственного доклада «О состоянии здоровья населения Российской Федерации в 2007 году»; а также при создании формуляров Центра фармако-технической информации и клинической фармакологии Департамента здравоохранения Приморского края и были внедрены в работу лечебно-профилактических учреждений края.
По материалам исследования были изданы Методические рекомендации «Метод анализа полиморфизма концевых фрагментов, полученных при рестрикции некодирующего участка ДНК в диагностике пневмококковых инфекций», утвержденные Президиумом СО РАМН «Дальневосточный научный центр» (27.06.2007). Опубликованы информационные письма, утвержденные Департаментом здравоохранения Приморского края: «Об эпидемиологических особенностях заболеваемости пневмококковыми инфекциями» (Владивосток, 2007); «Молекулярно-генетические особенности формирования резистентности при пневмококковых инфекциях» (Владивосток, 2007); «О молекулярно-эпидемиологических методах диагностики пневмококковой инфекции» (Владивосток, 2007), внедренные в работу лечебно-профилактических и медико-профилактических учреждений Дальневосточного Федерального округа.
Получены удостоверения на рационализаторские предложения: «Способ улучшения статистической отчетности по регистрации различных форм пневмококковых инфекций» (№ 2689, ВГМУ); «Способ анализа полиморфизма рестрикционных фрагментов для диагностики пневмококковых инфекций» (№ 2688, ВГМУ); «Способ оценки роли сопутствующих заболеваний при пневмококковых инфекциях» (№ 2690, ВГМУ).
Материалы диссертации используются в учебном процессе при под-
готовке врачей на кафедре терапии ФПК; кафедре госпитальной терапии; кафедре микробиологии; кафедре эпидемиологии и военной эпидемиологии Владивостокского государственного медицинского университета; на кафедре микробиологии, иммунологии и вирусологии Дальневосточного государственного медицинского университета; на кафедре микробиологии и вирусологии Амурской государственной медицинской академии; на кафедре эпидемиологии Воронежской государственной медицинской академии им. Н.Н. Бурденко; на кафедре гигиены, эпидемиологии и организации госсан-эпидслужбы Ставропольской государственной медицинской академии; на кафедре микробиологии, вирусологии и иммунологии Дагестанской государственной медицинской академии.
Объем и структура диссертации. Работа изложена на 354 страницах машинописного текста и состоит из введения, обзора литературы, главы материалы и методы, 5 глав собственных исследований, заключения, выводов, практических рекомендаций, указателя литературы. Диссертация иллюстрирована 43 таблицами, 86 рисунками, 10 схемами. Список литературы содержит 422 литературного источника, из них 90 принадлежат отечественным и 332 зарубежным авторам.
Апробация.
Научно-исследовательская работа по теме диссертации
зарегистрирована во Всероссийском Научно-Техническом
Информационном Центре, регистрационный номер 01.20.03 02174.
План научно-исследовательской работы был утвержден Этическим комитетом ГОУ ВПО «Владивостокский государственный медицинский университет Росздрава».
По материалам диссертации опубликовано 45 печатных работ, из них
15 в центральной печати, 27 за рубежом, 3 рационализаторских предложения. В журналах, рекомендуемых ВАК России, опубликовано 15 статей.
Материалы научно-исследовательской работы доложены: на Зальц-бургских семинарах по инфекционным болезням (Зальцбург, Австрия, 2003, 2004); на Международном симпозиуме по изучению проблем устойчивости к антибактериальным химиопрепаратам (ISAAR, Сеул, Южная Корея, 2003; Манила, Филлипины,2005); на Европейском конгрессе по клинической микробиологии и инфекционным заболеваниям (ECCMID, Прага, Че-хия,2004; Копенгаген, Дания,2005); на Международном симпозиуме по изучению пневмококков и пневмококковых инфекций (ISPPD, Анкоридж, США, 2002; Хельсинки, Финляндия,2004; Элис Спрингс, Австралия, 2006); на Международной конференции по созданию коллекций культур (ICCC, Токио-Цукуба, Япония, 2004); на Международном Конгрессе по антимикробной химиотерапии (ICAAC, Вашингтон, США, 2004); на Международном семинаре по инфекционным заболеваниям Фонда Гаслини (Генуя, Италия, 2004,2005); на Европейском симпозиуме по изучению молекулярной биологии пневмококков (Брауншвайг, Германия, 2005;Флоренция, Италия, 2006; Оейрас, Португалия,2007); на Европейском Респираторном Конгрессе (ERS, Стокгольм, Швеция, 2003; Копенгаген, Дания,2005; Мюнхен, Германия, 2006); на Международном симпозиуме по изучению патогенных нейс-серий (Кейрнс, Австралия, 2006); на Семинаре по Молекулярно-биологическим основам эпидемиологического контроля (ITEC, Дели-Чандигарх, Индия, 2006); на международном конгрессе по детским инфекциям (WSPID, Бангкок, Таиланд, 2007).
Материалы диссертационной работы были представлены на краевом семинаре «Госпитальная эпидемиология» при департаменте здравоохранения Администрации Приморского края (2004, 2005, 2006, 2007), а также на заседании Дальневосточного отделения Конгресса «Человек и лекарство» в 2007 году в г. Владивостоке. Работа обсуждена на заседании проблемной
комиссии по микробиологии, иммунологии, эпидемиологии Владивостокского государственного медицинского университета (июнь, 2007).
Сбор материала производился лично диссертантом. Самостоятельно прорабатывался материал по ретроспективному анализу заболеваемости: анализировались отчетные формы и микробиологические журналы лечебно-профилактических учреждений г.Владивостока и Приморского края; проводилось анкетирование и обработка полученных данных при исследовании роли факторов риска у пациентов и носителей; выделение штаммов S.pneumoniae, формирование исследуемой коллекции. Самостоятельно автором изучались выделенные штаммы на устойчивость к антибактериальным химиопрепаратам диско-диффузионным методом и методом серийных разведений. Молекулярно-эпидемиологические исследования, отраженные в исследовании так же были проведены автором самостоятельно: постановка полимеразной цепной реакции (ПЦР), подбор необходимого праймера, постановка анализа полиморфизма концевых рестрикционных фрагментов как с референтными штаммами, так и с клиническими образцами. Статистическая обработка полученного материала, включая построение дендро-грамм и матриц соответствия, была произведена лично автором.
Выражаю признательность научному консультанту, профессору кафедры эпидемиологии ВГМУ Туркутюкову В.Б. за постоянное внимание и помощь в проведении и организации исследования. Благодарю весь профессорско-преподавательский состав Института инфекционных заболеваний (г.Берн, Швейцария) за помощь и поддержку в проведении молекуляр-но-эпидемиологических исследований. Особую благодарность выражаю научному консультанту диссертации, начальнику кафедры общей и военной эпидемиологии профессору доктору медицинских наук П.И. Огаркову, профессору доктору медицинских наук С.Д. Жоголеву, а также всему профессорско-преподавательскому составу кафедры общей и военной эпидемиологии Военной медицинской академии им. СМ. Кирова.
![Эпидемиологические аспекты внутрибольничных гнойно-септических инфекций в эндохирургии желчевыводящих путей [Электронный ресурс]](/i/i/4312/205992.png "Эпидемиологические аспекты внутрибольничных гнойно-септических инфекций в эндохирургии желчевыводящих путей [Электронный ресурс] Хромова Наталья Львовна")
