Определение кристаллической структуры мутантных форм рибосомного белка L1 и молекулярно-динамические исследования их комплексов с РНК Кляшторный Владислав Георгиевич

Введение к работе

Актуальность проблемы

Молекулярное узнавание на протяжении долгих лет остается одной из основных проблем молекулярной биологии. Как макромолекулы находят и узнают друг друга в клетке? Почему одни белковые комплексы распадаются сразу после образования, а другие стабильны на протяжении нескольких минут и даже часов? Что определяет стабильность тех или иных комплексов? Вот далеко не полный перечень вопросов, на который еще только предстоит ответить современным исследователям. Ответы на эти вопросы очень важны для понимания принципов функционирования биологических систем.

Цель работы

Целью исследования явилось выявление структурных принципов, лежащих в основе РНК-белкового узнавания и стабильности РНК-белковых комплексов.

Научная новизна

Впервые с высоким разрешением определены пространственные структуры различных мутантных форм белка L1 из бактерии Thermus thermophilus (TthLl) и архей Methanococcus jannaschii (MjaLl). Проведен анализ изменений, вызванных теми или иными мутациями в белке. Показано, что влияние замены на изменение рельефа окружающей области может быть корректно оценено только после определения структуры мутантной формы. Проведено молекулярно-динамическое исследование мутантных форм белка L1 и их комплексов с фрагментами РНК. Показано, что методы молекулярной динамики позволяют получить важную структурную информацию, характеризующую поведение мутантной формы в свободном состоянии и в комплексе с РНК.

Публикации и апробация работы

По материалам диссертации опубликовано 6 печатных работ. Результаты работы неоднократно докладывались на российских и международных конференциях. Координаты структур мутантных форм белка L1 выложены в банк белковых структур PDB.

Объем и структура работы

Диссертационная работа изложена на 100 страницах и состоит из введения, обзора литературы, экспериментальной части, а также обсуждения результатов и выводов и содержит в конце список цитируемой литературы. В работе представлено 30 рисунков и 10 таблиц.

Похожие диссертации на Определение кристаллической структуры мутантных форм рибосомного белка L1 и молекулярно-динамические исследования их комплексов с РНК

Структурные и кинетические исследования образования и распада комплексов рибосомного белка L1 с РНККостарева Ольга Сергеевна

Определение последовательности разрушения элементов структуры зеленого флуоресцентного белка при его тепловой денатурацииПоварницына, Татьяна Владимировна

ДНК-аптамеры, специфичные к фибриллярной форме белка Sup35p дрожжей Saccharomyces cerevisiaeСурина Елизавета Рафаэльевна

Значение измерения авидности антител класса IgG к отдельным белкам вируса гепатита С для диагностики различных форм инфекцийМукомолова Анна Львовна

Структура полноразмерного L1-выступа бактериальной рибосомы. Влияние изменений поверхности контакта рибосомного белка L1 Thermus thermophilus с РНК на его РНК-связывающие свойстваСарских Алена Витальевна

Исследование механизма цитотоксического действия белкового комплекса Tag7-Hsp70 на опухолевые клеткиШелудченков Антон Александрович

Исследование структур мембраноассоциированных белков и белковых комплексов методами молекулярного моделированияБакулина Анастасия Юрьевна

Определение структуры комплексов рибосомных белков S8 и L5 с фрагментами 16S и 5S pРНК и анализ РНК-белковых взаимодействийНиконов Олег Станиславович

Определение и анализ пространственной структуры рибосомного белка L1 из бактерии Thermus thermophilus в комплексе с фрагментом матричной РНК при разрешении 2,6ZВолчков Сергей Александрович

5S рРНК-белковый комплекс Thermus thermophilus: исследование структуры белка TL5 и его взаимодействия с РНКМещеряков Владимир Александрович