Содержание к диссертации
Введение
1. Введение 4
1.1. Актуальность работы 4
1.2. Цель работы 5
1.3. Задачи работы 5
1.4. Научная новизна 6
1.5. Теоретическое и практическое значение работы 6
1.6. Положения, выносимые на защиту 7
1.7. Достоверность полученных результатов 8
1.8 Апробация работы 8
1.9. Структура и объем диссертации 11
1.10. Благодарности 11
2. Литературный обзор 13
2.1. История классической систематики семейства Dendronotidae 13
2.2. Современные исследования систематики семейства Dendronotidae 17
2.3. Состояние изученности семейства Dendronotidae фауны морей России 20
2.4. Молекулярная филогенетика дендронотид 23
2.5. Биология семейства Dendronotidae 28
3. Материал и методы 30
3.1. Материал 30
3.2. Методы
3.2.1. Анализ морфологии 32
3.2.2. Молекулярно-генетические методы 34
4. Основная часть 41
4.1. Анализ морфологических признаков, используемых в систематике семейства Dendronotidae 41
4.1.1. Внешняя морфология 41
4.1.2. Внутренняя морфология 52
4.2. Анализ видовых границ на основе молекулярно-биологических признаков (species delimitation) 65
4.2.1. Результаты молекулярно-филогенетического анализа 65
4.2.2. Автоматизированный поиск межвидовых интервалов (Automatic Barcode Gap Discovery, ABGD) 68
4.3.2. Обобщенная гибридная Юле-коалесцентная модель (General Mixed Yule Coalescent model, GMYC) 69
4.3.3. Попарные дистанции 69
4.3.4. Сравнение результатов анализов 70
4.3. Описания новых видов рода Dendronotus 73
4.3.1. Dendronotus kalikal Ekimova, Korshunova, Schepetov, Neretina, Sanamyan, Martynov, 2015 73
4.3.2. Dendronotus kamchaticus Ekimova, Korshunova, Schepetov, Neretina, Sanamyan, Martynov, 2015 77
4.3.3. Dendronotus niveus Ekimova, Korshunova, Schepetov, Neretina, Sanamyan, Martynov, 2015 81
4.4. Уточнение таксономического статуса некоторых видов рода Dendronotus87
4.4.1. Dendronotus diversicolor Robilliard, 1971 87
4.4.2. Dendronotus velifer G.O.Sars, 1878 92
4.4.3. Статус видов D. primorjensis и D. dudkai 4.5. Система семейства Dendronotidae 98
4.6. Распространение видов семейства Dendronotidae 100
4.7. Филогенетические отношения в семействе Dendronotidae
4.7.1. Молекулярно-филогенетические данные 106
4.7.2. Эволюционные преобразования радулярного аппарата видов семейства Dendronotidae 113
4.7.2. Филогеография видов семейства Dendronotidae 118
5. Выводы 128
6. Список литературы 130
- Теоретическое и практическое значение работы
- Современные исследования систематики семейства Dendronotidae
- Анализ морфологии
- Автоматизированный поиск межвидовых интервалов (Automatic Barcode Gap Discovery, ABGD)
Теоретическое и практическое значение работы
Систематика семейства Dendronotidae имеет долгую историю, которая берет начало в 1845 году, с установления рода Dendronotus Alder et Hancock, 1845, а затем и выделения для данного рода отдельного семейства (Allman, 1845, цит. по: Robilliard, 1970). Изначально в семейство и род был включен единственный вид Dendronotus arborescens (Mller, 1776), впервые описанный датским естествоиспытателем Отто Фредериком Мюллером под названием Doris arborescens. В дальнейшем Кювье расформировал род Doris (Cuvier, 1797) и перенес этот вид в состав рода Tritonia (Cuvier, 1817). Альдер и Ханкок в своей работе (Alder, Hancock, 1845) выделили род Dendronotus в качестве самостоятельного таксона с типовым видом D. arborescens. Валидность и самостоятельность родов Dendronotus и Tritonia была показана на основании комплексного анализа морфологии. Таксономически важными признаками являлись морфология ринофоров, степень редукции нотума, морфология дорсолатеральных отростков и морфология печени. Диагноз для выделенного семейства Dendronotidae и, соответственно, рода Dendronotus был обозначен следующим:
Тело узкое; 4-8 пар разветвленных дорсолатеральных отростков; по одной паре на каждой стороне спины; ринофоры перфолиированы ламеллами; имеются ринофоральные отростки; передний край головы представлен оральным парусом, несущим разветвленные отростки; анальное отверстие справа, между первой и второй парой церат; половые отверстия справа, латерально, между ринофорами и первой парой церат; печень трехраздельная (Alder, Hancock, 1842;1845).
В дальнейшем, однако, было показано, что описанный в 1774 году вид Amphitrite frondosa (Ascanius, 1774) является старшим синонимом D. arborescens, в связи с чем название типового вида было изменено на Dendronotus frondosus (Ascanius, 1774). Впервые оно было использовано в сборнике Plymouth Marine Invertebrate Fauna в 1904 г. (Robilliard, 1970). Однако многие исследователи еще долгое время использовали название D. arborescens как валидное (Вагнер, 1885; Гурьянова, 1924; Ушаков, 1948; Филатова, Зацепин, 1948; Bergh, 1879, 1894; Verrill, 1880; O Donoghue, 1921). В течение XIX века было опубликовано достаточно большое количество работ по таксономии рода Dendronotus, описан ряд новых видов. Тем не менее, большинство из этих работ базировалось на скупых описаниях внешней морфологии, без анализа внутривидовой изменчивости и выделения таксономически важных признаков (Thompson, 1840; Cooper, 1863; Verrill, 1870, 1880 и др.). Зачастую не была описана даже морфология радулы, которая является наиболее важным таксономическим признаком в кл. Gastropoda. В этот период были описаны следующие виды: Dendronotus lacteus (Thompson, 1840) (как Tritonia lactea), Dendronotus iris Cooper, 1863, Dendronotus robustus Verrill, 1870, Dendronotus luteolus LaFont, 1871, Dendronotus dalli Bergh, 1879, Dendronotus purpureus Bergh, 1879, Dendronotus velifer G.O. Sars, 1879, Dendronotus elegans Verrill, 1880. Некоторые из них были позже признаны младшими синонимами (см. ниже). В 1863 г. был описан новый род Campaspe Bergh, 1863 с типовым видом C. pusilla Bergh, 1863. В дальнейшем в состав рода был включен еще один вид, C. major Bergh, 1886. В качестве основных отличий между представителями нового рода и рода Dendronotus Берг выделял отсутствие выраженного ветвления дорсолатеральных выростов, отростков ринофоров и орального паруса (Bergh. 1863; 1886). Тем не менее, Элиот (Eliot, 1910) и затем Однер (Odhner, 1936) пришли к выводу, что Бергом были описаны ювенильные особи D. frondosus, в связи с чем род Campaspe был признан невалидным, а С. pusilla и C. major сведены в младшие синонимы вида D. frondosus (Odhner, 1936). В 1921 году O Доногью описал вид Dendronotus rufus O Donoghue, 1921. В качестве важных отличий этого вида от D. frondosus он указывал количество и особенность зазубренности латеральных зубов радулы, в также меньшее количество зубчиков на центральном зубе. Кроме того, им был описан вид Dendronotus giganteus O Donoghue, 1921, близкий по морфологии к D. iris, от которого D. giganteus отличался общим паттерном окраски.
Первое комплексное исследование таксономического состава семейства Dendronotidae, в котором была предпринята попытка проанализировать внутри- и межвидовую изменчивость морфологических признаков и провести ревизию описанных ранее видов двух родов – Dendronotus и Campaspe, было опубликовано Однером (Odhner, 1936). Он включил в состав рода Dendronotus только три вида – D. frondosus, D. robustus и D. iris, выделяя их по признакам внешней морфологии (окраска, форма тела), а также на основании строения половой системы. Однером был отмечен высокий полиморфизм вида D. frondosus по признакам окраски и строению папилл, а также по морфологии радулы (признак наличия или отсутствия зубчиков на центральном зубе радулы он считал крайне изменчивым на видовом уровне ввиду истирания зубов при питании). На основании этого тихоокеанские виды D. rufus и D. dalli, а также европейский D. lacteus он считал синонимами D. frondosus (Odhner, 1936). Кроме того, он свел в младшие синонимы D. frondosus описанные в XIX веке виды D. purpureus, D. luteolus и D. elegans; в младшие синонимы D. robustus – описанный Сарсом глубоководный вид D. velifer, а в синонимы D. iris – описанный О Донохью D. giganteus (Odhner, 1936, 1939).
В 1966 году МакФарландом была опубликована обширная монография, посвященная систематике и биологии заднежаберных моллюсков тихоокеанского побережья Северной Америки. Одна глава была посвящена ревизии семейства Dendronotidae с приведением расширенных описаний внешнего и внутреннего строения для 5 видов, обитающих в северо-восточной части Тихого океана (MacFarland, 1966). Виды Dendronotus dalli и D. rufus рассматривались автором как вариететы D. frondosus (“D. frondosus var. dalli” и “D. frondosus var. rufus”) в соответствии с системой, разработанной Однером (Odhner, 1936). Помимо уже известных видов, D. frondosus и D. iris, МакФарландом было опубликовано детальное описание трех новых для науки видов – Dendronotus albus MacFarland, 1966, Dendronotus subramosus MacFarland, 1966 и Dendronotus venustus MacFarland, 1966. Впервые в литературе по семейству Dendronotidae были приведены очень подробные данные по внутреннему строению, включая описание как морфологии радулы, челюстей и половой системы, так и гистологического строения различных систем органов.
Современные исследования систематики семейства Dendronotidae
В отечественной научной литературе изучению рода Dendronotus в XX веке уделялось очень мало внимания, несмотря на то, что виды данного рода относятся к достаточно массовым группам беспозвоночных животных в Белом и Баренцевом морях, а также являются модельными объектами в нейробиологии и ихтиологии (изучение питания и кормовой базы рыб). Большинство упоминаний рода Dendronotus в научной литературе первой половины XX века ограничено короткими фаунистическими заметками или небольшими разделами в сводках общего характера (Вагнер, 1885; Дерюгин, 1915, 1925, 1928; Володченко, 1941, 1955; Филатова, Зацепин, 1948; и др.), включая биоценологические исследования сезонных изменений фауны литорали
Баренцева моря (Матвеева, 1948). Специальных работ по изучению фауны и таксономии видов семейства Dendronotidae, населяющих моря России, не проводилось. Во второй половине ХХ века исследованием этой группы занималась, главным образом, И.С. Рогинская. Первая работа, в которой было приведено описание Dendronotus frondosus, была посвящена изучению фаунистического состава голожаберных моллюсков района Беломорской биологической станции (Рогинская, 1962а). За основу была взята классификация, разработанная Однером (Odhner, 1939), данные по распространению видов рода частично взяты из работ Володченко (Володченко, 1941) и O Доногью (O Donoghue, 1921). Было отмечено, что этот вид «представлен в районе биостанции двумя цветовыми вариациями: типичные формы с желтовато-коричневым основным цветом и ржавыми пятнами по всему телу, включая папиллы и головные выросты, и розовые особи с папиллами, заканчивающимися беловатыми кончиками» (Рогинская, 1962a). Кроме того, радула особей с различными цветовыми вариететами отличалась: у пестро окрашенных моллюсков центральный зуб радулы имел выраженные зубчики, в то время как у «крупных особей розового цвета самые большие средние зубы были совершенно гладкими». Различий в строении половой системы обнаружено не было. В дальнейших своих работах И.С. Рогинская акцентировала внимание на репродуктивной биологии и питании голожаберных моллюсков (Рогинская, 1962б, 1971, 1980, 1990) и привела важные данные о размножении типового вида рода Dendronotus frondosus в Белом море. Первый определительный ключ видов семейства Dendronotidae, обитающих в фауне морей России, был опубликован в коллективной монографии «Моллюски Белого моря» (Рогинская, 1987). Были приведены полные описания трех видов семейства Dendronotidae, обитающих в морях России – D. frondosus, D. dalli, D. robustus (Рогинская, 1987) с обзором их биологии в Белом море и определительным ключом. Согласно составленному определителю, однородно-светлая окраска тела является главным отличием D. dalli от D. frondosus, в дополнение к признакам радулы. Распространение видов D. frondosus, D. dalli, D. robustus приведено по литературным и оригинальным данным. Ареал D. frondosus бореально-арктический, циркумполярный, он охватывает бореальные и арктические зоны Атлантического, Тихого и Северного-ледовитого океанов, а также прилегающих морей; вид отмечен от литорали до глубин 400 м (Swennen, 1961). Распространение D. dalli циркумполярное, он отмечен в Северной Атлантике, Северной Пацифике и Арктике (включая Белое и Баренцево моря) от сублиторальной зоны до глубины 360 м. Вид D. robustus также имеет циркумполярное распространение, ареал охватывает все Арктические моря, северные части Атлантического и Тихого океана от глубины 10 м (Белое море) до 410 м. (Lemche, 1941). В описании каждого вида приведена подробная синонимия. При этом в синонимии к виду D. dalli были указаны предыдущие находки в Белом море розовых и белых вариететов D. frondosus (Рогинская, 1962а), обладающих гладкими центральными зубами радулы. В последствии это привело к широко распространенной практике определения всех светлоокрашенных вариететов рода Dendronotus в Белом море как D. dalli. В дальнейшем эти данные были поставлены под сомнение. В Атласе Заднежаберных моллюсков морей России (Мартынов, Коршунова, 2011) указано, что достоверных находок данного вида из Белого и Баренцева морей нет, а все его находки в Северной Атлантике связаны с неправильным определением светлоокрашенных вариететов D. frondosus. Та же информация приводится в фаунистическом списке голожаберных моллюсков острова Старичков тихоокеанского побережья Камчатки (Мартынов и др., 2010). Этот тезис основан на многолетних исследованиях, проведенных А.В. Мартыновым на протяжении нескольких сезонов в окрестностях ББС Зоологического института РАН (м. Картеш) и ББС МГУ, которые продемонстрировали, что особи как пестрых, так и однородно-белых и розовых вариететов обладают зазубренным, а не гладким центральным зубом радулы (Мартынов А.В., личное сообщение).
В конце XX – начале XXI вв. исследованиями таксономии, фауны и филогении голожаберных моллюсков морей России занимался А.В. Мартынов. Помимо прочего, им и его исследовательской группой были опубликованы многочисленные фаунистические находки и подробные описания различных видов семейства Dendronotidae в фауне морей России (Мартынов, 1997а, б; 1998; 1999; Мартынов и др., 2010, 2015а, б; Мартынов, Коршунова, 2011; Коршунова и др., 2015; Korshunova et al., 2016а, b). Фаунистический список рода Dendronotus, приведенный А.В. Мартыновым в Каталоге морских и солоноватоводных моллюсков морей России (Мартынов, 2006) повторяет список И.С. Рогинской с небольшими уточнениями по распространению видов рода. Так, D. frondosus был найден в заливе Петра Великого Японского моря (Мартынов, 1998, 1999; Chernyshev, 2015), на Командорских островах (Мартынов, 1997б; Рогинская, 1998) и на тихоокеанском побережье Камчатки (Мартынов и др., 2010). В дальнейшем эти данные были пересмотрены. В списке видов Дальневосточных морей России под редакцией Б.И.
Сиренко D. frondosus отсутствует, но для всех акваторий указывается наличие Dendronotus spp. (Martynov, 2013). В 2015 году А.В. Мартыновым с соавторами был описан вид Dendronotus primorjensis Martynov, Korshunova et Sanamyan, 2015 из бухты Спокойная Японского моря. Было отмечено, что данный вид близок по внешней морфологии к видам D. frondosus и D. venustus. Тем не менее, предыдущие находки D. frondosus из Залива Петра Великого не были включены в список синонимов нового вида, а вопрос их возможного симпатрического сосуществования не был обсужден. Кроме того, в данной работе был впервые зарегистрирован новый вид для фауны России – D. orientalis, а также приведено его короткое описание (Мартынов и др., 2015a).
После получения оригинальных результатов по данной диссертации, был опубликован ряд статей, касающийся таксономии рода в северо-западной Пацифике и Артике. Прежде всего, были опубликованы новые данные по виду D. primorjensis (Korshunova et al., 2016b), впервые был зарегистрирован новый вид для фауны морей России – D. albus (Мартынов и др., 2015б) и описаны два новых для науки вида – D. arcticus Korshunova, Sanamyan, Zimina, Fletcher et Martynov, 2016 (Арктика) и D. robilliardi Korshunova, Sanamyan, Zimina, Fletcher et Martynov, 2016 (Северная Пацифика). Результаты данных работ были учтены при подготовке текста диссертации (см. Главы 4.4.1., 4.4.3., 4.5., 4.6.)
Анализ морфологии
Ринофоры - пара чувствительных придатков, выполняющих функцию хеморецепции; присутствуют у всех голожаберных моллюсков. Расположены в передней части тела перед первой парой дорсолатеральных отростков (Приложение II, Рисунок 2). Иннервируются от переднего края церебральных ганглиев ринофоральным нервом (MacFarland, 1966). Особая морфология ринофоров и их карманов - одна из синапоморфий семейства Dendronotidae. У этой группы они представлены гладким стеблем (клавусом), который перфолиирован поперечными листочками - ламеллами (Приложение II, Рисунок 2А). Карманы в терминальной части разветвляются на несколько ринофоральных отростков, большинства видов у основания имеют особую латеральную папиллу. Ринофоры втягиваются в карманы при опасности или неблагоприятных условиях среды (например, при резком повышении солености воды).
Можно выделить следующие таксономически значимые признаки: Наличие или отсутствие латеральной папиллы. Данный признак уже рассматривался Робиллиардом (Robilliard, 1970) и Стаут и др. (Stout et al., 2010) в качестве одного из критериев разделения видов. Оригинальные исследования строения ринофоров разных видов, подтверждают его значимость для таксономии. Латеральная папилла отсутствует у видов D. albopunctatus, D. arcticus, D. compteti, D. gracilis, D. orientalis, D. patricki, D. robustus, D. subramosus, D. velifer (Приложение II, Рисунок 2Г, Е). У остальных она развита в разной степени, обычно ее ветвление и длина соответствует общему паттерну ветвления дорсолатеральных папилл (Приложение II, Рисунок 2А-В, Д, Ж).
Относительная длина ринофоральных отростков. Морфология отростков карманов ринофоров отличается у разных видов: у D. albopunctatus, D. arcticus, D. compteti, D. frondosus, D. kalikal, D. kamchaticus, D. lacteus, D. noachi, D. primorjensis, D. robustus, D. subramosus, D. velifer, D. venustus (Приложение II, Рисунок 2Г, Е, Ж) они одинаковой длины. У D. albus, D. diversicolor, D. dalli, D. gracilis, D. niveus, D. regius (Приложение II, Рисунок 2Б) и некоторых особей D. patricki один-два задних отростка существенно длиннее передних. D. orientalis (Приложение II, Рисунок 2Д) имеет очень длинный задний отросток, его длина может превышать длину тела в полтора раза. Ринофоральные отростки D. iris и D. rufus (Приложение II, Рисунок 2В) очень сильно разветвлены; длина отростков различная, часто 1-2 задних отростка длиннее передних. Ветвление ринофоральных отростков в целом повторяет общий паттерн ветвления дорсолатеральных отростков. На значимость этого признака обращал внимание Робиллиард (Robilliard, 1970), однако в работе Стаут и др. (Stout et al., 2010) было рассмотрена только степень разветвленности отростков.
Количество ламелл ринофоров также традиционно считалось признаком, важным для таксономии. Тем не менее, данный признак варьирует у особей одного вида в достаточно широких пределах (у взрослых особей D. frondosus их количество варьирует от 5 до 25; у более крупного вида D. rufus их число колеблется от 10 до 24), а также зависит от размера моллюсков. У ювенильных особей D. niveus число ламелл такое же, что и у некоторых взрослых экземпляров D. frondosus (8-10), что может приводить к значительной путанице при определении. В связи с этим, мы считаем, что лучше не использовать признак количества ламелл для разделения видов. Однако, его надо безусловно учитывать при определении видов и написании определительных ключей.
Оральный парус видов семейства Dendronotidae относительно небольшой по сравнению с некоторыми представителями подотряда Dendronotida – например, видами семейства Tritoniidae. Тем не менее, он хорошо выражен и несет чувствительные придатки – отростки орального паруса, располагающиеся по переднему краю, и губные папиллы, окружающие рот. Основная их функция – чувствительная, вероятно они также приспособлены к хеморецепции и могут рассматриваться как гомологи оральных щупалец представителей подотряда Aeolidida (Kohn, 1961). Робиллиард (Robilliard, 1970) выделил следующие признаки орального паруса как важные для таксономии: количество, степень разветвленности, окраска и положение отростков орального паруса и губных папилл. Согласно нашим данным, большинство данных признаков варьируют в широких пределах и поэтому их нельзя считать пригодными для разделения видов. Окраска придатков головного региона в целом повторяет общий паттерн окраски моллюска, в связи с чем мы не считаем необходимым выделение этого признака как таксономически значимого. Степень разветвленности отростков орального паруса моллюсков очень сильно подвержена онтогенетической изменчивости. Так, у ювенильных особей D. niveus отростки орального паруса простые, с очень слабо развитым вторичным ветвлением. По мере роста моллюсков степень разветвленности увеличивается, появляются сначала вторичные, затем и третичные ветви. В то же время, у очень полиморфного вида D. frondosus выявлен очень широкий диапазон разброса числа оральных отростков и губных папилл. Так, у некоторых половозрелых особей длиной около 10 мм ветвление отростков орального паруса простое, их число не превышает 4-5, а губные папиллы отсутствуют. В то же время у половозрелых особей длиной 30 мм их число может увеличиться до 8-10, а количество губных папилл – до 10. Некоторые особи D. lacteus – симпатрического вида, близкого по признакам внешнего строения к D. frondosus, имеют такое же количество придатков орального паруса вкупе со сходной морфологией, что может существенно затруднять их определение.
В связи с этим мы считаем необходимым учитывать при разделении видов и определении моллюсков только один признак головного отдела – количество отростков орального паруса (в совокупности с их взаимным расположением и длиной).
Автоматизированный поиск межвидовых интервалов (Automatic Barcode Gap Discovery, ABGD)
Прежде всего, нами был использован молекулярно-филогенетический подход для определения условных молекулярных операционных таксономических единиц MOTU (molecular phylogenetic taxonomic units, MOTUs). Поскольку наличие исходной видовой гипотезы может значительно влиять на восприятие результатов реконструкции, в настоящее время в подобных исследованиях используется именно эта аббревиатура для обозначения таксономических единиц, предварительно выделенных с помощью молекулярно-генетического подхода. Строго говоря, MOTU, выделенные в ходе филогенетического анализа, не корректно отождествлять с отдельными видами, поскольку по сути они представляют собой монофилетические клады неопределенного ранга (это допущение вводится для того, чтобы абстрагироваться от первоначальной видовой гипотезы). Для выявления предварительных MOTU нами было использовано молекулярно-филогенетическое дерево по 4 локусам (COI, 16S, H3, 28S), построенное методом байесовского анализа (Рисунок 5А) и включающее в себя максимальное число исследуемых особей семейства Dendronotidae, доступных для анализа (Приложение I, Таблица 2). Рисунок 5. Обобщенная схема результатов комплексного анализа видовых границ в роде Dendronotus. В различных столбцах разными цветами указаны выделенные Молекулярные Операционные Таксономические Единицы (MOTU). Белый цвет указывает на отсутствие данных. А – топология молекулярно-филогенетического дерева, построенного на основании объединенных последовательностей фрагментов COI, 16S, H3 и 28S. MOTU выделены на основании реципроктной монофилии клад. Б – исходная видовая гипотеза. В – результаты ABGD-анализа фрагмента COI. Г – результаты ABGD-анализа фрагмента 16S. Д – результаты GMYC-анализа фрагмента COI. E – результаты сравнения p-дистанций фрагмента COI. Ж - результаты сравнения p-дистанций фрагмента 16S. З – результаты анализа топологии молекулярно-филогенетического дерева COI. И -результаты анализа топологии дерева 16S. К - результаты анализа топологии дерева H3+28S. Партиции каждого гена были проанализированы отдельно. Исходная видовая гипотеза, принятая за основу в этом анализе, соответствует последним представлениям о таксономии рода (Stout et al., 2010; Stout et al., 2011), однако не учитывает данные анализа морфологических признаков, описанных в Главе 4.1 (Рисунок 5Б).
Топология консенсусного дерева была достаточно хорошо разрешена (Рисунок 5А) и стабильна (идентичная топология дерева была выявлена при проведении филогенетического анализа методом максимального правдоподобия, а также изменении аутгрупп), кроме того большинство клад было достаточно высоко поддержаны.
По результатам анализа нами было выявлено 22 монофилетических MOTU (выделены на основании критерия реципроктной монофилии), из которых только 7 строго соответствовало принятой нами исходной видовой гипотезе, предполагающей выделение всего 13 видов (Stout et al., 2010; Stout et al., 2011). Соответствие MOTU первоначальному определению было выявлено для видов D. rufus, D. albopunctatus, D. subramosus, D. venustus, D. iris, D. orientalis, D. regius (MOTU 4, 7, 8, 16, 17, 21, 22 соответственно). Особи, предварительно определенные как D. frondosus согласно исходной видовой гипотезе, по результатам анализа разделились на 8 клад (MOTU 3, 5, 6, 10, 11, 12, 14, 15). Моллюски, относящиеся к виду D. robustus сформировали 3 монофилетические клады (MOTU 18, 19, 20), а особи D. dalli и D. albus – по 2 клады (MOTU 1, 2 и MOTU 9, 13 соответственно). Кроме того, стоит отметить, что моллюски, достоверно относящиеся к виду D. lacteus формируют MOTU 3, вместе с особями, определенными как D. frondosus. Типовые экземпляры вида D. patricki входят в состав MOTU 18, вместе с группой особей, предварительно определенных как D. robustus.
Топология молекулярно-филогенетического дерева по гену COI соответствовала топологии дерева, построенного по 4 локусам. Было выявлено 20 клад (основываясь на критории реципроктной монофилии), соответствующие выделенным ранее MOTU 1-7, 9-20 и 22. MOTU 8 и MOTU 21 не были проанализированы ввиду отсутствия для них отсеквенированных последовательностей гена COI. В силу большой длины дерева, оно не показано, однако результаты анализа представлены на Рисунке 5З.
Топология молекулярно-филогенетического дерева по гену 16S в целом достаточно сходна с топологией деревьев, построенных на основании анализа фрагментов 4 генов и фрагментов COI. Тем не менее, в некоторых случаях она отличается. Так, MOTU 18 и 20 сформировали очень близкие, хотя и монофилетические клады. То же характерно и для MOTU 14 и 16. Степень дивергенции видов и групп видов дендронотид по гену 16S существенно ниже, чем по гену COI, однако это не противоречит имеющимся литературным данным по относительной скорости эволюции данных генов у брюхоногих моллюсков и, в частности, голожаберных (Jrger et al., 2012; Carmona et al., 2013; 2014a, b; 2015a и др.). Так или иначе, всего в ходе анализа нами выделено 20 монофилетических клад (=20 MOTU), однако степень дивергенции между некоторыми из них невысока. В силу большой длины дерева, оно не показано, однако результаты анализа представлены на Рисунке 5И.
Топология молекулярно-филогенетических деревьев, построенных на основании анализа последовательностей ядерных генов (H3, 28S) была плохо разрешена и сильно варьировала по результатам разных анализов, в связи с низкой степенью дивергенции исследуемых последовательностей. По совокупности результатов анализа каждого гена отдельно и объединенных ядерных последовательностей, нами было выявлено отсутствие достоверной дивергенции между MOTU 1/MOTU 2/MOTU 6, MOTU 3/MOTU 4, MOTU 14/MOTU 15 и MOTU 19/MOTU 20 (Рисунок 5К). Стоит, однако, отметить, что эти результаты не противоречат результатам анализа митохондриальных генов, поскольку могут быть объяснены низкой скоростью эволюции генов H3 и 28S, что является характерной особенностью геномов многих таксонов голожаберных моллюсков (Stout et al., 2011; Pola et al., 2012; Padula et al., 2014). Сходство же особей, составляющие MOTU 1/MOTU 2/MOTU 6, MOTU 3/MOTU 4, MOTU 14/MOTU 15 и MOTU 19/MOTU 20 по фрагментам H3, Последовательности H3 и 28S таким образом лучше не использовать для молекулярного разделения видов. Тем не менее, их анализ очень важен при проведении молекулярно-филогенетических исследований.