Содержание к диссертации
Введение
Глава 1. Обзор литературы 14
1.1. Особенности H.pylori и факторы, влияющие на эффективность эрадикационной терапии 14
1.2. Современный взгляд на микробиоту кишечника человека 18
1.3. Факторы, влияющие на состав микробиоты кишечника 28
1.4. Заключение 39
Глава 2. Материалы и методы исследования 41
2.1. Объект и дизайн исследования 41
2.2. Общая клиническая характеристика обследованных пациентов 46
2.3. Метод оценки эффективности эрадикационной терапии H.pylori 50
2.4. Молекулярно-генетические методы исследования 52
2.5. Статистическая обработка результатов 55
Глава 3. Результаты собственных исследований 57
3.1. Общая характеристика исследуемых групп пациентов 57
3.2. Клиническая характеристика включенных в исследование пациентов 60
3.3. Оценка эффективности эрадикационной терапии H.pylori 65
3.4. Метагеномный анализ микробиоты кишечника у пациентов с заболеваниями верхних отделов желудочно-кишечного тракта 68
3.5. Состав микроорганизмов фекальной микробиоты у пациентов с заболеваниями верхних отделов желудочно-кишечного тракта после эрадикационной терапии H.pylori 75
3.6. Функциональные характеристики микробиоты кишечника у пациентов с заболеваниями верхних отделов желудочно-кишечного тракта после эрадикационной терапии H.pylori 93
3.7. Нежелательные явления на фоне эрадикационной терапии H.pylori и состав микробиоты кишечника 99
3.8. Влияние эрадикационной терапии H.pylori на резистом микробиоты кишечника 105
Глава 4. Заключение 110
Выводы 143
Практические рекомендации 145
Перспективы дальнейшей разработки темы 146
Список сокращений 147
Список литературы 149
Список иллюстративного материала 179
- Современный взгляд на микробиоту кишечника человека
- Общая характеристика исследуемых групп пациентов
- Состав микроорганизмов фекальной микробиоты у пациентов с заболеваниями верхних отделов желудочно-кишечного тракта после эрадикационной терапии H.pylori
- Влияние эрадикационной терапии H.pylori на резистом микробиоты кишечника
Современный взгляд на микробиоту кишечника человека
Известно, что около квадриллиона вирусов находится внутри и на поверхности тела человека [208]. Желудочно-кишечный тракт (ЖКТ) человека содержит около 1014 микробных клеток [135, 177]. Кишечная микробиота содержит приблизительно 500-1000 видов бактерий [39, 243]. В микробиоте кишечника здорового человека преобладают анаэробные бактерии, количество которых превосходит число аэробных и факультативно анаэробных бактерий от 100 до 1000 раз [261]. Микроорганизмы представлены в ЖКТ неравномерно, их количество и разнообразие увеличивается от проксимальных отделов ЖКТ к дистальным отделам, где их содержание является максимальным. К примеру, если считать, что желудок содержит 10 микробных клеток на грамм содержимого, то двенадцатиперстная кишка 103 клеток, тощая кишка 104 клеток, подвздошная кишка 107 клеток и толстая кишка до 1012 клеток, при этом в толстой кишке находятся около 70% всех микроорганизмов, населяющих человека [133].
Микробиота кишечника выполняет в организме человека важнейшие функции, такие как пищеварительная (участие в расщеплении пищевых волокон, в обмене желчных кислот и синтезе ферментов); иммунная (участие в синтезе интерферонов, иммуноглобулина А, развитие лимфоидного аппарата кишечника); метаболическая (участие в биосинтезе витаминов В1, В2, В3, В5, В6, В12, К, аминокислот, короткоцепочечных жирных кислот); дезинтоксикационная (инактивация ксенобиотиков и лекарственных препаратов); регуляторная (регуляция работы иммунной, эндокринной, нервной систем) [135, 152, 207].
Метаболические и функциональные возможности микробиоты кишечника настолько обширны и многочисленны, что вполне могут быть сопоставимы с деятельностью целого органа, поэтому микробиоту кишечника часто называют «невидимым» [129] или «забытым» органом [185]. По мнению Neish A. S. (2009), совокупность всех биохимических процессов, происходящих в кишечнике, оказывает значительное влияние на гомеостаз всего организма человека в целом [207].
За последние годы были разработаны различные методы изучения микробного состава кишечника. Культуральный или бактериологический метод основан на использовании различных питательных сред для селективного выращивания бактерий. В качестве источника материала может быть использован кал, биоптат слизистой оболочки тонкой или толстой кишки. Этот метод традиционно используется для оценки микрофлоры кишечника и позволяет, в том числе, определять наличие основных патогенных бактерий. К недостаткам бактериологического метода относятся трудоемкость, дороговизна питательных сред, зависимость результатов исследования от условий сбора образцов, длительность исследования (до 10 дней до получения результатов исследования) [32]. Эта методика позволяет выявить бактерии, являющиеся облигатными аэробами или факультативными анаэробами, но не позволяет обнаружить облигатные анаэробы, простейшие, грибы и вирусы [32, 186].
Молекулярно-генетические методы позволяют идентифицировать микроорганизмы путем определения последовательности дезоксирибонуклеиновой (ДНК) или рибонуклеиновой (РНК) кислот в образцах стула либо в другом биоматериале. Метод полимеразной цепной реакция (ПЦР) основан на выделении с помощью ПЦР фрагмента бактериальной ДНК или РНК, характерной для определенного вида бактерий. Далее эти фрагменты ДНК или РНК достраиваются по принципу комплементарности (репликация ДНК), что позволяет их в дальнейшем идентифицировать. К преимуществам этого метода относятся высокие чувствительность и специфичность, быстрое получение результатов, возможность автоматизации и выявления микроорганизмов с внутриклеточной локализацией. К недостаткам можно отнести вероятность получения ложнонегативных или ложноположительных результатов из-за риска контаминации реакционной среды, амплификации погибшего микроорганизма [32, 280]. На основе принципа работы ПЦР был разработан ряд других методик, в частности, количественная ПЦР в режиме реального времени (Realime quantitative PCR), с помощью которой можно определить не только наличие микробных клеток в материале, но и их количество [135].
Методы секвенирования основаны на определении последовательности маркёрных генов (16S рРНК (16 S рибосомальная рибонуклеиновая кислота) для бактерий) или полного генома (полногеномное секвенирование, whole-genome sequencing). Под секвенированием понимается определение нуклеотидной последовательности нуклеиновых кислот. В этом случае в качестве маркёра генетического разнообразия используется 16S рибосомальная рибонуклеиновая кислота (16S рРНК), которая имеется в любой бактериальной клетке и может быть использована для их видовой идентификации [203, 204].
Последовательности 16S рРНК описаны для многих видов бактерий, что позволяет определить их филогенетическую принадлежность. По этой причине данный метод является одним из наиболее широко используемых методов оценки таксономического состава микробного сообщества [99]. Метод секвенирования генов 16S рРНК обладает рядом преимуществ, таких, как относительная дешевизна по сравнению с полногеномным секвенированием и простота исполнения [204]. Имеются и недостатки этого метода, в частности, широкий разброс оценок разнообразия видов, невозможность оценки функции изучаемых микроорганизмов и недостатки, характерные для метода ПЦР [236].
Метод полногеномного секвенирования основан на изучении последовательности отдельных кусочков («ридов») всех ДНК, выделенных из изучаемого материала. Главным преимуществом этого метода, в отличие от 16S рРНК секвенирования, является возможность определения не только таксономической принадлежности микроорганизмов, но и функциональных характеристик, закодированных в геноме, что позволяет сформировать более подробную картину о микробном сообществе. К недостаткам этого метода можно отнести высокую стоимость исследования, относительную сложность анализа полученной информации [236].
Таким образом, существует значительное количество различных методов изучения микробиоты ЖКТ. Именно благодаря современным молекулярно-генетическим методам стало возможным расширение знаний о количественном и качественном составе микробиоты, ее функциях и понимание роли микробиоты в поддержании здоровья человека. Каждый из имеющихся методов имеет свои преимущества и недостатки, соответственно, выбор осуществляется исходя из целей и задач исследования в каждом конкретном случае.
На основании исследований, проведённых с помощью современных молекулярно-генетических методов, было показано, что микробиота кишечника представлена десятью основными филами бактерий – Actinobacteria, Bacteroidetes, Cyanobacteria, Firmicutes, Fusobacteria, Lentisphaerae, Proteobacteria, Spirochaetes, Synergistetes и Verrucomicrobia, а также одной филой домена Archaea – Euryarchaeota [112, 129]. Наиболее широко представлены в микробиоте кишечника такие филы бактерий, как Bacteriodetes и Firmicutes, более 90% всей микробиоты кишечника приходится на их долю [102, 150, 199]. По данным Turnbaugh P. и соавт. (2006), роль бактерий филы Firmicutes, главным образом, связана с образованием энергии из продуктов питания человека [49]. Основной функцией бактерий филы Bacteroidetes является участие в деградации сложных сахаров и белков [177]. В меньшей степени представлены бактерии фил Proteobacteria, Verrumicrobia, Actinobacteria, Fusobacteria и Cyanobacteria [39, 102, 243]. Наиболее широко представлены следующие роды бактерий, которые составляют примерно 70–90% всего состава микробиоты кишечника: Alistipes, Bacteroides, Bifidobacterium, Clostridium, Collinsella, Eubacterium, Faecalibacterium, Parabacteroides, Prevotella, Roseburia, Ruminococcus и некоторые другие [39, 85, 156]. Практически единственными представителями архей являются метаногены (доминирующий вид — Methanobrevibacter smithii) [31, 85, 147].
Эукариоты в кишечнике представлены, в основном, дрожжеподобными грибами рода Candida, встречающимися у 70% здоровых людей, а также простейшими [231]. Вирусы представлены преимущественно бактериофагами [76].
В настоящее время известно, что таксономический состав микробиоты кишечника значительно отличается у разных здоровых людей. Принято считать, что микробиота здоровых людей остается относительно стабильной в течение всей жизни человека [98, 249]. На состав микробиоты человека оказывают влияние следующие факторы: способ рождения, возраст, географическое место проживания, генетические особенности человека, прием антибактериальных препаратов, пробиотиков, стресс и характер питания [91, 167, 243]. Однако выделить определённый таксономический состав микробиоты, который можно рассматривать как «здоровый состав», особенно на более низких таксономических рангах (например, на уровне родов, видов и т.д.), практически не представляется возможным. Концепция, согласно которой «здоровый микробиом» может быть определен как набор специфических микроорганизмов, по мнению ряда авторов, является слишком упрощенной, так как такого рода концепция не может объяснить наличие значительных отличий в составе микробиоты различных здоровых людей [91].
Альтернативной является концепция «здорового микробиома» как совокупности генов и метаболических путей, а не отдельных бактерий, однако набор этих метаболических функций еще предстоит определить в дальнейших исследованиях [151].
Общая характеристика исследуемых групп пациентов
Для решения поставленных задач в исследование были включены 144 пациента в возрасте от 19 до 64 лет, проживающих в городе Казани. Отбор пациентов был осуществлен в соответствии с разработанными критериями включения/невключения.
Включенные в исследование и прошедшие четыре этапа исследования пациенты были разделены на две группы в зависимости от наличия инфекции Н.pylori: Н.pylori-позитивные (102 пациента, из них 62 женщины и 40 мужчин) и H.pylori-негативные (42 пациента, из них 27 женщин и 15 мужчин). Средний возраст пациентов в группе H.pylori-позитивных и H.pylori-негативных пациентов составил 40 (IQR31,00:48,00) и 42 (IQR32,00:50,00) года соответственно.
В обеих группах преобладали пациенты молодого и среднего возраста, при этом как при применении критерия 2, так и при применении критерия Манна-Уитни статистически значимых различий в возрастном составе между двумя группами сравнения не было выявлено (р=0,906 и р=0,266 соответственно). Возрастной состав пациентов отражен в таблице 3.1.
При анализе гендерных различий изучаемых групп оказалось, что в обеих группах в бльшей степени были представлены пациенты женского пола (таблица 3.2), при этом, как и при сравнении возрастного состава двух групп, статистически значимых различий в гендерном составе между H.pylori-позитивными и H.pylori-негативными пациентами не было выявлено (критерий 2, р=0,694).
При изучении физикального статуса пациентов особое внимание уделялось изучению массы тела пациентов и расчету индекса массы тела (ИМТ), так как этот показатель учитывался в критериях невключения в исследование.
Пациенты с ожирением (ИМТ30,00 кг/м2) и дефицитом массы тела (ИМТ 18,50 кг/м2) не были включены в исследование в соответствии с критериями невключения. Преобладающее количество (77,1%) пациентов обеих групп имело нормальный вес с ИМТ в пределах 18,50-24,99 кг/м2. Относительное количество пациентов с избыточной массой тела (ИМТ от 25,00 кг/м2 до 29,99 кг/м2) составило 22,9% (таблица 3.3). Статистически значимых различий в количестве пациентов с различным ИМТ между двумя группами не было выявлено (критерий 2, р=0,870; критерий Манна-Уитни, р=0,309). Распределение пациентов в зависимости от ИМТ отражено в таблице 3.3.
В ходе исследования был изучен характер питания пациентов при помощи специальной анкеты, в которой отражался ежедневный рацион питания в течение 7 дней, предшествующих инициальному визиту (приложение № 2). Помимо этого, при заполнении анкеты учитывали пищевые предпочтения и соблюдение пациентами определенной диеты. Большинство пациентов имели жалобы со стороны верхних отделов ЖКТ, следовательно, придерживались примерно одинакового рациона питания и способа приготовления пищи. Кроме этого, всем пациентам было рекомендовано соблюдение примерно одинакового рациона питания и способа приготовления пищи в период участия в исследовании. В настоящем исследовании отсутствовали пациенты, соблюдавшие специальные диеты, такие, как вегетарианство, веганство, безглютеновая диета, диета с исключением молочных продуктов, диеты с учетом религиозных особенностей. Все продукты питания были сгруппированы на шесть категорий: овощи/фрукты, мясо/белковые продукты, жиры, молочные продукты, хлебобулочные продукты, продукты питания с высоким гликемическим индексом (ГИ). Недельные рационы питания пациентов по категориям продуктов питания отображены на рисунке 3.1.
В бльшей степени в рационе питания превалировали группа овощей/фруктов: в группе H.pylori-позитивных 28,8 порций в неделю, в группе H.pylori-негативных 28,0 порций в неделю и группа хлебобулочных продуктов: 28,5 порций в неделю и 25,6 порций в неделю соответственно. Меньшую долю составляли мясо/белковые продукты, жиры, молочные продукты, легкоусвояемые углеводы. При этом статистически значимых различий в рационе питания между H.pylori-позитивными и H.pylori-негативными пациентами не было выявлено (рисунок 3.1).
Состав микроорганизмов фекальной микробиоты у пациентов с заболеваниями верхних отделов желудочно-кишечного тракта после эрадикационной терапии H.pylori
В настоящем исследовании проводилась оценка влияния эрадикационной терапии H.pylori на таксономический состав микробиоты кишечника пациентов с заболеваниями верхних отделов ЖКТ. Таксономические особенности микробиоты кишечника H.pylori-позитивных пациентов сразу после лечения и через 4 недели после проведения эрадикационной терапии представлены на рисунках 3.5 и 3.6 и в приложениях № 3, 4, 5.
Обращает на себя внимание, что сразу после завершения эрадикационной терапии наблюдалось статистически значимое снижение представленности бактерий филы Firmicutes (49,55±24,25)% vs (58,52±21,48)%, р=0,039 до начала лечения. Через один месяц отмечалась тенденция к увеличению относительного количества бактерий филы Firmicutes по сравнению с точкой II (54,75±21,02)% vs (49,55±24,25)%, р=0,413, при этом статистически значимой разницы как по сравнению с исходным уровнем, так и по сравнению с точкой II не было выявлено (рисунки 3.5, 3.7, приложение № 3).
Обратная тенденция наблюдалась для бактерий филы Bacteroidetes: сразу после завершения терапии их представленность увеличилась (37,73±25,93)% vs (33,49±23,51)% до лечения, р=0,98; через один месяц отмечалась тенденция к снижению относительного количества бактерий этой филы по сравнению с точкой II (36,23±22,84)% vs (37,73±25,93)%, р=0,98, при этом статистически значимых различий между различными временными точками не было выявлено (рисунки 3.5, 3.7, приложение № 3).
Примечания: точка I H.pylori-позитивные пациенты до начала эрадикационной терапии; точка II H.pylori-позитивные пациенты после окончания эрадикационной терапии (через 14 (+3) дней) от начала эрадикационной терапии); точка III – H.pylori-позитивные пациенты через 4 недели (+5 дней) после окончания эрадикационной терапии; р 0,05.
Помимо этого, сразу после эрадикационной терапии (точка II) было отмечено значимое снижение представленности бактерий фил Verrucomicrobia и Actinobacteria, соответственно (0,09±0,45)% vs (0,89±2,43)%, р=9,60E-008, до лечения, (0,60±1,36)% vs (3,08±6,34)%, р=3,80E-011, до лечения. Напротив, было выявлено значительное увеличение представленности бактерий филы Proteobacteria - (8,59±18,79)% vs (2,33±6,70)%, р=0,019, до лечения (рисунки 3.5, 3.8, приложение № 3). Через один месяц после завершения лечения относительное количество бактерий фил Verrucomicrobia и Proteobacteria практически полностью вернулось к начальному уровню, статистически значимых различий между точкой I и точкой III не было выявлено. Представленность бактерий филы Actinobacteria оставалась статистически значимо более низкой по сравнению с исходным уровнем (рисунки 3.5, 3.8, приложение № 3).
Аналогичный характер изменений был отмечен и для вирусов, представленность которых имела тенденцию к увеличению сразу после завершения лечения, однако эти различия не достигали уровня статистически значимых (приложение № 3). Через 4 недели после окончания лечения представленность вирусов также имела тенденцию к возвращению к исходному уровню (приложение № 3).
Таким образом, до начала эрадикационной терапии H.pylori в составе микробиоты кишечника превалировали бактерии фил Firmicutes и Bacteroidetes; бактерии фил Actinobacteria, Proteobacteria, Verrucomicrobia, Euryarchaeota и вирусы были представлены в меньшем количестве. Сразу после окончания терапии микробиота кишечника была представлена в бльшей степени бактериями фил Firmicutes, Bacteroidetes, Proteobacteriа и вирусами, доля других фил бактерий была существенно меньше, что указывает на снижение разнообразия и обеднение микробного сообщества. Через один месяц после окончания эрадикационной терапии H.pylori была отмечена тенденция к возвращению представленности бактерий фил Proteobacteria, Verrucomicrobia, архей филы Euryarchaeota к начальному уровню, однако изменения их долевого соотношения продолжали сохраняться (рисунок 3.5, приложение № 3). Относительная представленность бактерий филы Actinobacteria оставалась статистически значимо более низкой по сравнению с исходным уровнем (рисунок 3.8, приложение № 3).
В настоящем исследовании также были изучены изменения таксономического состава микробиоты кишечника сразу после лечения и через 4 недели после проведения эрадикационной терапии H.pylori в зависимости от типа патологии со стороны верхних отделов ЖКТ. Так, у пациентов с ЯБ сразу после лечения (точка II) наблюдалось статистически значимое снижение относительной представленности бактерий фил Actinobacteria (0,79±1,56)% vs (3,49±4,29)%, p=0,002, Firmicutes (48,89±22,98)% vs (64,52±15,19)%, p=0,036 и Verrucomicrobia (0,22±0,87)% vs (1,92±4,10)%, p=0,003 по сравнению с точкой I. Через 4 недели после проведения эрадикационной терапии H.pylori (точка III) изменения сохранялись в случае бактерий филы Actinobacteria, представленность которых оставалась статистически значимо ниже исходного уровня (0,17±0,11)% vs (3,49±4,29)%, p=0,001 (рисунок 3.9).
Влияние эрадикационной терапии H.pylori на резистом микробиоты кишечника
В настоящем исследовании проводилась оценка представленности генов, кодирующих факторы резистентности к антибактериальным препаратам, в микробиомном профиле кишечника у пациентов с заболеваниями верхних отделов ЖКТ на фоне проведения эрадикационной терапии H.pylori.
Всего было выделено 10 групп антибактериальных препаратов, к которым в микробиомном профиле кишечника были идентифицированы гены, кодирующие факторы резистентности к антибактериальным препаратам. К ним относились следующие группы антибиотиков: аминогликозиды, бета-лактамы, фторхинолоны, гликопептиды, линкозамиды, макролиды, пептидные антибиотики, фениколы, сульфаниламиды, тетрациклины. Наиболее представленные до начала терапии гены отражены в таблице 3.9.
На фоне проведения эрадикационной терапии H.pylori наблюдались статистически значимые изменения в представленности некоторых групп генов, кодирующих факторы резистентности к антибактериальным препаратам. Так, сразу после завершения эрадикационной терапии H.pylori было выявлено увеличение относительной представленности группы генов, кодирующих факторы резистентности к линкозамидам (р=0,046), макролидам (р=0,00007), сульфаниламидам (р=0,038), и снижение относительной представленности группы генов, кодирующих белки, определяющие формирование резистентности к антибиотикам тетрациклинового ряда (р=0,005), (приложение № 7).
При этом через 4 недели после завершения эрадикационной терапии (точка III) относительная представленность генов, кодирующих факторы резистентности к тетрациклинам и сульфаниламидным антибактериальным препаратам, практически полностью вернулась к начальному уровню (р 0,05). В то же время относительная представленность генов, кодирующих факторы резистентности к линкозамидам и макролидам, осталась выше исходного уровня (р=0,002, p=0,0007 соответственно), (приложение № 7).
Также были выделены отдельные гены, кодирующие факторы резистентности к антибактериальным препаратам, представленность которых статистически значимо изменилась на фоне эрадикационной терапии H.pylori.
Бльшую часть из них составили гены группы blaTEM (blaTEM-132, blaTEM-166, blaTEM-1, blaTEM-33, blaTEM-128, blaTEM-217, blaTEM-63, blaTEM-152, blaTEM-125, blaTEM-153, blaTEM-193, blaTEM-12, blaTEM-105, blaTEM-117, blaTEM-191, blaTEM-34, blaTEM-198, blaTEM-148, blaTEM-137, blaTEM-213), которые обуславливают резистентность к бета-лактамным антибиотикам.
Несмотря на то, что в целом для группы бета-лактамов статистически значимых изменений на фоне лечения не было выявлено, относительная представленность этих генов статистически значимо увеличилась сразу после завершения терапии. Однако через 4 недели после окончания терапии статистически значимых различий в их представленности между точкой I и точкой III не было выявлено (приложение № 8).
Аналогичные изменения были выявлены для некоторых генов, кодирующих факторы резистентности к аминогликозидным антибактериальным препаратам (aac(6 )-Ib7, aac(3)-IIc, aadA25), относительная представленность которых увеличилась сразу после завершения терапии. Через 1 месяц после окончания терапии статистически значимых различий в их представленности по сравнению с исходным уровнем не было выявлено (приложение № 8). Представленность гена aac(6 )-Ie-aph(2 )-Ia, обуславливающего устойчивость к аминогликозидам статистически значимо увеличилась через 4 недели после завершения терапии, хотя статистически значимых различий между точкой I и точкой II не было выявлено (приложение № 8).
Сразу после окончания эрадикационной терапии H.pylori было отмечено статистически значимое увеличение относительной представленности следующих генов: lnuC гена резистентности к линкозамиду, vanTG гена резистентности к гликопептидам. Через 4 недели после окончания терапии их относительная представленность практически полностью вернулась к начальному уровню, статистически значимых различий между точкой I и точкой III не было выявлено (приложение № 8).
Гены, кодирующие факторы резистентности к антибиотикам тетрациклинового ряда, были одними из наиболее представленных генов в микробиомном профиле кишечника. Однако относительная представленность генов tetW, tet32, tetO, tet(W/N/W) статистически значимо снизилась сразу после завершения лечения по сравнению с исходным уровнем. Через 4 недели после завершения терапии для генов tetW, tet32, tet(W/N/W) по-прежнему наблюдалось статистически значимое снижение их представленности по сравнению с точкой I (приложение № 8).
Статистически значимые изменения были выявлены и для генов, кодирующих белки, определяющие формирование устойчивости к макролидам: сразу после окончания терапия представленность генов mrx, mphA статистически значимо увеличилась по сравнению с исходным уровнем. Через 1 месяц после завершения эрадикации не было выявлено статически значимых различий в относительной представленности этих генов между точкой I и точкой III. В то же время для гена ermF было отмечено статистически значимое увеличение его представленности через 4 недели после завершения эрадикационной терапии, несмотря на то, что между точкой I и точкой II статистически значимых различий не было выявлено (приложение № 8).
Таким образом, на основании результатов, полученных в настоящем исследовании, можно предполагать, что эрадикационная терапия H.pylori оказывает выраженное влияние на представленность генов, кодирующих факторы резистентности к антибактериальным препаратам, в микробиомном профиле кишечника. В бльшей степени изменения обусловлены увеличением представленности генов, кодирующих факторы резистентности к антибактериальным препаратам, сразу после завершения терапии, в том числе, к антибактериальным препаратам, не входящим в схему эрадикации.
Через 4 недели после окончания эрадикационной терапии H.pylori наблюдалась тенденция к восстановлению резистома микробиоты кишечника к исходному состоянию, однако в случае отдельных генов такая тенденция не прослеживалась. Таким образом, некоторые изменения резистома микробиоты кишечника продолжают сохраняться спустя один месяц после окончания антибактериальной терапии.