Содержание к диссертации
Введение
Глава 1. Обзор литературы 12
1.1. Изучение генетического разнообразия в популяциях человека 12
1.2. Методы исследования ядерной ДНК 14
1.2.1 Метод главных компонент 15
1.2.2. Молекулярная хромосомная живопись 16
1.2.3. Трёхпопуляционный тест и f-статистика 19
1.2.4. Неравновесное сцепление генов при эволюционных событиях и ALDER 21
1.3. Методы исследования митохондриальной ДНК 23
1.3.1. Номенклатура митохондриальных гаплогрупп 23
1.3.2. Филогеография 25
1.3.3. Молекулярные часы эволюции
1.4. Древняя Берингия 28
1.5. Описание популяций
1.5.1. Чукчи 32
1.5.2. Сибирские эскимосы 32
1.5.3. Командорские алеуты
1.6. Предыстория коренных жителей сибирской и американской Арктики 35
1.7. Заключение 41
Глава 2. Материалы и методы 43
2.1. Величина и состав выборки 43
2.2. Оборудование 44
2.3. Реактивы 45
2.4. Выделение ДНК из цельной крови 47
2.5. Полимеразная цепная реакция 47
2.6. Электрофорез ДНК в агарозном геле 48
2.7. Секвенирование мтДНК 48
2.8. Анализ результатов секвенирования мтДНК 48
2.9. Оценка возраста митохондриальных гаплогрупп 49
2.10. Анализ главных компонент 50 2.11. Вычисление значений f-статистики 50
2.12. Вычисление значений ALDER-статистики 50
2.13. Анализ ADMIXTURE 51
2.14. Автоматизация вычислений и визуализация результатов 51
Глава 3. Результаты 52
3.1. Геномная изменчивость ядерной ДНК 52
3.2. Геномная изменчивость митохондриальной ДНК 61
3.3. Гаплогруппы A2a и A2b 62
3.4. Гаплогруппа D4b1a2 65
3.5. Гаплогруппа D2a 66
Глава 4. Обсуждение 68
4.1. Береговые чукчи 68
4.2. Палеоэскимосы и неоэскимосы 69
4.3. Командорские алеуты 71
Глава 5. Заключение 73
Выводы 75
Список литературы
- Неравновесное сцепление генов при эволюционных событиях и ALDER
- Электрофорез ДНК в агарозном геле
- Геномная изменчивость митохондриальной ДНК
- Палеоэскимосы и неоэскимосы
Введение к работе
Актуальность. С позиции популяционной генетики современные береговые чукчи, азиатские эскимосы и командорские алеуты представляют собой первичные антропологические изоляты в стадии распада и ускоренной ассимиляции. Между тем они всё ещё остаются богатейшим источником генетической информации для реконструкции эволюционных событий на стыке Северо-Восточной Евразии и Америки, поскольку связаны генетической непрерывностью и культурной преемственностью с населением древней Берингии.
На сегодня в поисках генетических корней американских индейцев детальному ОНП-анализу были подвергнуты более 2000 индивидуальных геномов автохтонов Сибири и Севера. Однако характер и последовательность миграций в районе Сибири и Аляски, связанных с процессами заселения американского континента человеком, до сих пор не установлены в полной мере. Развитие технологий выделения древней ДНК и массового параллельного секвенирования и генотипирования обозначило новый виток в изучении популяционной истории человека.
Цель и задачи исследования. Цель настоящей работы -исследовать изменчивость ядерной и митохондриальной ДНК у береговых чукчей, науканских, чаплинских и сирениковских эскимосов, а также алеутов Командорских островов для выяснения генетической истории коренных обитателей северо-восточной оконечности Сибири и прилегающих районов Северной Америки.
Для достижения поставленной цели ставились следующие задачи: (1) выяснить состав и происхождение материнских филетических линий данных популяций; (2) определить время коалесценции для материнских линиджей; (3) оценить вклад исследуемых популяций в генетическую историю коренных народов Сибири и Северной Америки.
Научная новизна и практическая ценность. Получены новые данные о геномном разнообразии коренных жителей Крайнего Северо-Востока Азии, связанных генетической преемственностью с обитателями древней Берингии, уточнены истоки и время дивергенции мтДНК-гаплогрупп, характерных для береговых чукчей, эскимосов и алеутов. Результаты имеют междисциплинарное значение и могут быть использованы для решения задач популяционной биологии, антропологии, истории народов Сибири и Америки, а также для получения достоверных оценок при идентификации личности у коренных жителей Сибири в судебно-медицинской практике.
Положения, выносимые на защиту. Митохондриальный и ядерный геном береговых чукчей, азиатских эскимосов и командорских
алеутов содержит в себе информацию, которая позволяет уточнить популяционную историю последних обитателей древней Берингии.
Апробация работы. Материалы диссертации были представлены на международной научной студенческой конференции «Студент и научно-технический прогресс» (Новосибирск, Россия, 2013), на межлабораторном семинаре гарвардской медицинской школы (Бостон, США, 2014). Результаты диссертационной работы включены в отчёты о научно-исследовательской работе по грантам РФФИ (№09-04-00183, №12-04-01851).
Вклад автора. Автор самостоятельно выполнил пробоподготовку ДНК для секвенирования и генотипирования, а также филогеографический, статистический и био-информатический анализ генетических данных. Cборы демографических данных, родословных и проб крови были проведены ранее, в процессе многократных экспедиций, выполненных в основном Р.И. Сукерником и Е.Б. Стариковской. При секвенировании мтДНК автору помогал И. В. Морозов. Генотипирование проб ДНК на биочипах было выполнено совместно с сотрудниками лаборатории популяционной и медицинской генетики, Гарвардская Медицинская Школа, г. Бостон, США (заведующий лабораторией: доктор Д. Райх).
Структура диссертации. Диссертация состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов, результатов, обсуждения и заключения, а также выводов и списка цитируемой литературы, в котором содержится 111 ссылок. Работа изложена на 100 страницах машинописного текста, содержит 4 таблицы, 19 рисунков и 5 приложений.
Публикации. По результатам и проблематике настоящего исследования опубликовано 3 работы, из них 3 статьи в рецензируемых изданиях рекомендованного перечня ВАК.
Неравновесное сцепление генов при эволюционных событиях и ALDER
В зависимости от целей и задач работы, исследователь может выбрать не только фрагмент генома, но и стратегию его изучения. Зачастую, вместо изучения полных последовательностей генома, в фокусе исследования находятся только его вариабельные элементы: однонуклеотидные полиморфизмы (single nucleotide polymorphism, SNP), количество копий локусов (copy number variation, CNV), инсерции и делеции. Основной причиной их возникновения являются эволюционные процессы, такие как накопление мутаций, рекомбинация и потоки генов [Sebat et al., 2004; Conrad et al., 2010; Sudmant et al., 2015]. Полногеномный анализ ядерной ДНК представляет значительный интерес, так как она хранит огромное количество информации, полученной от всех п редков исследуемого индивида. При этом возникает сложность получения, хранения и обработки большого количества генетических данных. Альтернативой полногеномному анализу яДНК является высокоразрешающее генотипирование при помощи ДНК-микрочипов. Такие биочипы позволяют получать сотни тысяч охарактеризованных и специально отобранных для антропологических исследований однонуклеотидных полиморфизмов на каждый исследуемый образец ДНК [Patterson et al., 2006; Reich et al., 2012; Lipson et al., 2013; Lazaridis et al., 2014].
Митогеном является хорошо зарекомендовавшим себя объектом изучения. Благодаря тому, что митохондриальная ДНК имеет небольшой размер, исключительно материнскую природу наследования [Sato and Sato, 2011], не участвует в рекомбинационном процессе н а популяционном уровне [Elson et al., 2001], обладает высокой скоростью эволюции [Soares et al., 2009] и значительным внутривидовым полиморфизмом [Ingman et al., 2000], а также представлена огромным числом копий [Kmiec et al., 2006], она является крайне по дходящим инструментом для проведения антропогенетических исследований, включая настоящую работу. На сегодняшний день полные последовательности митогеномов получены для десятков тысяч людей по всему миру, что обеспечивает широкие возможности для проведения сравнительных исследований разнообразия мтДНК [van Oven and Kayser, 2009; Behar et al., 2012]. При работе с древней ДНК проявилась важная особенность митохондриального генома – его высокая копийность, благодаря которой во многих случаях удаётся полученить генетическую информацию из тех образцов, в которых ядерная ДНК деградировала настолько, что не поддаётся изучению [Richards et al., 2016]. Вновь появляющиеся результаты секвенирования древних ДНК позволяют проверять и уточнять существующие гипотезы, основанные на изучении генетического разнообразия у ныне живущих людей.
По сравнению с мтДНК, NRY-локус обладает определёнными недостатками. В частности, до сих пор не накоплено достаточно данных для проведения сравнительных исследований Y-хромосомы. По этой же причине не существует единой номенклатуры для детальной классификации Y-хромосомных гаплотипов [Karafet et al., 2008; van Oven et al. 2014, Karmin et al., 2015].
Существующие методы для изучения геномной изменчивости ядерной ДНК можно разделить на четыре основные группы: 1) кластеризующие методы [Pritchard et al., 2000; Patterson et al., 2006]; 2) методы молекулярной хромосомной живописи, анализирующие хромосомы индивидов со смешанным происхождением с целью восстановить протяженные участки хромосом, унаследованные от предковых популяций [Tang et al., 2006; Price et al., 2009; Gravel, 2013; Hellenthal et al., 2014]; 3) методы, использующие различия частот аллелей в популяциях [Reich et al., 2009; Patterson et al., 2012; Lipson et al., 2013]; 4) методы, изучающие ассоциации между парами локусов и феномен сцепленного наследования генов [Moorjani et al., 2011; Loh et al., 2013]. Для всестороннего изучения геномной изменчивости в настоящей работе использованы методы из всех вышеобозначенных групп. Метод главных компонент (англ. principal component analysis, PCA) — один из основных способов уменьшить размерность данных, потеряв наименьшее количество информации. PCA предложен Карлом Пирсоном в 1901 году и получил широкое распространение во многих областях науки, включая биоинформатику [Pearson, 1901; Patterson et al., 2006].
Первые попытки применить данный метод к генетическим данным принадлежат группе Луиджи Луки Каввалли-Сфорца [Mennozi et al., 1978] и с тех пор PCA часто применялся на популяционном уровне. Сравнительные исследования отдельных индивидов методом главных компонент начались в 2005 году [Shriver et al., 2005] и уже в 2006 году благодаря Нику Паттерсону и соавторам PCA, применяемый к генетическим данным, получил статистическое обоснование, а вместе с тем и крайне широкое распространение в популяционных исследованиях [Patterson et al., 2006].
Нахождение главных компонент сводится к вычислению собственных векторов и собственных значений ковариационной матрицы, полученной из исходных генетических данных. Полученные собственные векторы взаимно ортогональны и характеризуют определенную долю генетической информации, что позволяет отсортировать их по степени значимости и использовать для представления индивидов из исследуемой выборки в их пространстве (например, на двумерном графике). Подробные теоретические детали метода, включая формальные критерии, позволяющие оценить необходимое количество генетической информации для проверки существования структуры в популяции, описаны в статье [Patterson et al., 2006].
Миграции сыграли значительную роль в формировании генетического ландшафта в популяциях человека, так как они напрямую связаны с потоками генов. Поэтому зачастую даже данные по небольшому количеству генетических маркеров позволяют установить степень родства между популяциями, а в некоторых случаях определить предковые популяции. Доступность данных высокоразрешающего генотипирования и секвенирования следующего поколения позволяют реконструировать эволюционные события с гораздо большей точностью [Gravel, 2012].
Одним из методов позволяющих искать генетические корни для исследуемого индивида или группы людей является молекулярная хромосомная живопись. Её суть наглядно можно объяснить следующим образом. Представим, что имеется несколько гомогенных популяций . Геномы людей внутри каждой популяции окрашены в одинаковый цвет и этот цвет различен для популяций (рис. 1, красные и синии линии). Тогда, в случае обмена генов между популяциями (рис. 1, чёрная линия), будут возникать геномы окрашенные в разные цвета. В итоге, зная цветовую принадлежность фрагментов генома в исследуемой популяции, можно сделать вывод о её генетической истории.
Электрофорез ДНК в агарозном геле
Ранние исследования разнообразия мтДНК в инуитских популяциях показали близкое родство между пулом мтДНК сибирских эскимосов, чукчей [Starikovskaya et al., 1998] и гренландски х инуитов [Shields et al., 1993; Saillard et al., 2000]. Эти исследования изменчивости мтДНК чукчей и сибирских эскимосов включали частичный анализ гаплотипов и показали, что у чукчей -оленеводов присутствуют три (А, С и D) гаплогруппы из четырех (A-D), обнаруженных к тому времени у американских индейцев, и не демонстрируют характерной для гаплогруппы В делеции в межгенном участке COII/tRNALys. У сибирских эскимосов были обнаружены только две гаплогруппы, A и D. Они, видимо, являются единственным сибирским народом, полностью лишенным примеси каких-либо ин ых гаплогрупп [Starikovskaya et al., 1998]. Между побережьем Аляски и Камчатским полуостровом находятся образующие дугу алеутские острова. Считается, что первая волна поселенцев, палео-алеутов, носителей гаплогруппы А, начала расселяться по Алеутскому архипелагу с востока сразу после отступления ледников, около 9000 лет назад. Примерно 3500 лет назад они достигли западной оконечности архипелага. Интересно, что на каждом острове алеутские племена имеют свой профиль мтДНК. Примерно 1000 лет назад на архипелаге появились нео-алеуты. Для них была характерна более высокая частота гаплогруппы D [Rubicz et al., 2003], значительные различия в строении черепа и материальной культуре [Hrdlika, 1939]. Однако, согласно археологическим данным, палео- и нео-алеуты относительно мирно сосуществовали и смешивались между собой [Balter, 2012]. Существует и другая гипотеза, согласно которой генетические различия между палео- и нео-алеутами отсутствуют, а различия в форме черепов и материальной культуре вызваны наличием четкой с оциальной структуры [Davis and Knetch, 2010; Misarti and Maschner, 2015; Maley, 2016]. В настоящее время приблизительно две трети алеутского населения имеют гаплогруппу D и одна треть – гаплогруппу А [Rubicz et al., 2003]. Наличие гаплогрупп A2a и A2b у коренных народов Сибири с одной стороны и Гренландии и Канады с другой, соответствуют возможности того, что популяции арктического севера встречались и скрещивались между собой на протяжении примерно 4900 лет (возраст возникновения старшей гаплогруппы A2a) [Volodko et al., 2008; Sukernik et al., 2012].
Помимо исследований митохондриальной ДНК предпринимались попытки исследования и ядерной ДНК в арктических популяциях. В 2010 году отсеквенировали с высоким покрытием геном Саккака [Rasmussen et al., 2010]. По данным аутосомных маркеров он оказался ближе к корякам и чукчам, чем к гренландским и канадским инуитам. В 2014 году была исследована древняя ДНК, выделенная из антропологического материала, относящегося как к палеоэскимосским культурам Саккак и Дорсет, так и к неоэскимосским культурам Бирнирк и Туле [Raghavan et al., 2014]. Как отмечают авторы этого исследования, несмотря на низкие температуры в Арктике и большое количество образцов, подвергнутых анализу, количество и качество извлеченной ДНК оказалось крайне скромным (от 0 до 3.2% эндогенной ДНК по результатам секвенирования). Между тем, на основе этих данных были сделаны далеко идущие выводы. Авторы полагают, что палеоэскимосы представляли единственную волну миграции из Сибири в Америку, которая, отделившись от предковой популяции, дала начало инуитам и другим коренным американцам (включая но сителей атабаскских языков). Несмотря на наличие культурных, пространственных и вр еменных отличий, все палеоэскимосы демонстрируют генетическую непрерывность на протяжении более чем 4000 лет. Они также не имеют следов генетических примесей американских индейцев, что служит доказательством их изоляции после проникновения в Новый Свет. В свою очередь, представители культуры Туле, предки современных инуитов , представляют п опуляцию, заместившую палеоэскимосов менее 700 лет назад [Raghavan et al., 2014]. Как было отмечено выше, заселение арктических районов Чукотки и Северной Америки произошло относительно недавно ( 6000 лет назад). Говоря о более ранних событиях, большинство учёных принимает точку зрения, что Берингов пролив являлся входными воротами для изначальной колонизации американского континента, хотя есть приверженцы альтернативной гипотезы о трансатлантической миграции людей из Европы в Америку (солютрейская гипотеза [Stanford and Bradley, 2012]). После огромного количества междисциплинарных исследований были предложены многие модели, описывающие заселение континента, среди которых следует отметить берингийскую инкубационную, солютрейскую, тройственную, одно- и двуволновую модели [Tamm et al., 2007; Stanford and Bradley, 2012; Greenberg et al., 1986; Ray et al., 2010]. В 2012 году в большом исследовании 52 американских и 17 сибирских популяций, где каждый индивид генотипировался 364,470 ОНП, было показано, что большинство индейцев произошло от единственной предковой популяции, которую отождествляют с «Первыми американцами». Однако, носители языков эскимосско-алеутской языковой семьи, населяющие Арктику, наследуют почти половину своего генофонда от второй волны миграции, а чипевайаны наследуют примерно одну десятую часть своих генов от третьей волны миграции [Reich et al., 2012]. Эти результаты подтверждали «тройственную» модель (ориг. «tripartite model»), предложенную Гринбергом и соавторами в 1986 году. Тогда, основываясь на результатах генетического (на уровне полиморфизма витамин D-связывающего белка), лингвистического и дентального анализа, авторы сделали заключение, что коренные американцы произошли минимум от трёх волн миграций из Азии: америндов, на-дене и эскимосо-алеутов [Greenberg et al., 1986; Ray et al., 2010]. Однако в другом исследовании, в котором помимо результатов генотипирования ядерной ДНК, привлекались данные глубокого секвенирования полных геномов (31 современный и 23 древних генома) получены несколько иные результаты. В частности, эти данные свидетельствуют о существовании единственной волны миграции, давшей начало всем коренным индейцам, за которой следовал отдельный поток генов, связанных с восточными азиатами и (в меньшей степени) с австрало-меланезийцами. Первая волна миграции впоследствии разделилась на две предковые ветви ("северную" и "южную") [Raghavan et al., 2015].
Геномная изменчивость митохондриальной ДНК
Для более детального численного охарактеризования генетического разнообразия исследуемых популяций вычисляли f3-статистику с внешней группой (рис. 15), которая характеризует относительное генетическое расстояние между популяциями. Данные f3-статистики хорошо согласуются с результатами PCA и значительно дополняют их. Так чукчи, по-прежнему, близки лишь с эскимосами, коряками и ительменами. Эскимосы занимают промежуточное положение: с одной стороны они близки к корякам, ительменам и чукчам; с другой – приближены к коренным жителям Америк. Результаты статистики для алеутов не несут практически никакой информации, так как они значительны искажены европейской примесью. Отдельно стоит отметить то, что по результатам f3-статистики, в отличие от ADMIXTURE-анализа, и индейцы Северной Америки (кри, алгонкины и оджибве) оказываются генетически более удалены от эскимосов и алеутов, чем их южные сос еди (суруи, каритиана и другие), что вызвано генетической примесью от европейцев [Reich et al., 2012]. а)
Пробы крови от 52 доноров (28 чукчей, 19 сибирских эскимосов и 5 алеутов) были отобраны из коллекции ранее собранных образцов [Starikovskaya et al., 1998; Derbeneva et al., 2002; Volodko et al., 2008] для полногеномного анализа митохондриальной ДНК. Полученные последовательности были объединены со 152 митогеномами, обнаруженными на территории Берингии (в северо-восточной Сибири, на Аляске, в северо-западной Канаде и Гренландии) и опубликованными ранее [Ingman et al., 2000; Derbeneva et al., 2002; Starikovskaya et al., 2005; Ingman and Gyllensten, 2007; Tamm et al., 2007; Gilbert et al., 2008; Volodko et al., 2008; Sukernik et al., 2012; Achilli et al., 2013; Raghavan et al., 2014]. Общая выборка составила 204 мтДНК, среди которых абсолютное большинство (n=196) попадает в гаплогруппы A2a, A2b, D2a и D4b1a2. Именно эти гаплогруппы стали предметом детального рассмотрения. 8 последовательностей, принадлежащих гаплогруппам C4b2, C5a2 и D3, были исключены из анализа, так как, по всей видимости, являются привнесенны со стороны юкагиров и/или эвенов [Volodko et al., 2008; Sukernik et al., 2012]. Для полноты проводимого исследования в выборку также включены древние митогеномы и все доступные последовательности, относящиеся к гаплогруппам A2a, A2b, D2a и D4b1a2, чьи носители принадлежат к другим географическим регионам (приложение 2). 3.3. Гаплогруппы A2a и A2b
Из 204 мтДНК, обнаруженной по обе стороны от Берингова Пролива, 108 образцов (52,9%) попадают в различие подгруппы гаплогрупп A2a и A2b. В филогенетическом древе гаплогруппы A2a выделяется 5 крупных кластеров, обозначенных как A2a1, A2a2, A2a3, A2a4 и A2a5, а также множество независимых гаплотипов, берущих начало из корневого линиджа (рис. 16; приложение 3). В отличие от гаплогрупп A2a1, A2a2 и A2a3, распространённых среди чукчей и эскимосов (как юпиков, так и инупиков), гаплогруппы A2a4 и A2a5 связаны с различным племенами на-дене, апачи и навахо, населяющими юго-запад США. Расчётное время коалесценции для 66 последовательностей, принадлежащих к гаплогруппе A2a, равно 3,9 тысяч лет (табл. 4).
Для гаплогруппы A2b, по-видимому, возникшей на территории укрытой сегодня водами Берингова Пролива/Берингова моря, время коалесценции составляет 2,6 тысячи лет – незадолго до разделения и последующего расселения инупиков по Аляске и канадской Арктике (рис. 17).
На рисунке 18 приведена часть схематического филогенетического древа восточно-азиатской гаплогруппы D4b. Помимо редкого гаплотипа, принадлежащего юкагиру (EU482395.1), происходящего непосредственно от корня D4bla2, сюда входят две основные субгаплогруппы: D4bla2al и D4bla2a2, имеющие общую мутацию т.13720С Т.
Географическое распространение мтДНК принадлежащих к D4bla2 и их временная глубина (8,7 тысяч лет) могут быть связаны с сибирскими популяциями, дифференцировавшими в алтае-саянском рефугиуме и затем расселившимися вплоть до северо-восточной оконечности Сибири. Это предположение подтверждается тем фактом, что в гаплогруппу D4bla2a попадают как тубалары, алтай-кижи, буряты и тувинцы, так и юкагиры, чукчи и науканские эскимосы и инуиты Канады и Гренландии.
Палеоэскимосы и неоэскимосы
Крупномасштабные исследования ядерной ДНК по реконструкции процесса заселения Америк свидетельствуют о том, что: 1) существовало по меньшей мере четыре генетических волны из Сибири; 2) группы первых колонизаторов долгое время были изолированы в берингийском рефугиуме; 3) экспансия палеоэскимосов в арктические районы Нового Света представляет собою единый импульс, за которым не следовали повторные миграции [Reich et al., 2012; Raghavan et al., 2014; Raghavan et al., 2015]. В настоящее время гаплогруппы A2a и A2b не являются строго специфичными для какой-либо конкретной популяции и хорошо представлены по обе стороны от Берингова пролива. Филогеографический профиль этих гаплогрупп указывает на то, что формирование корневой гаплогруппы A2 произошло in situ – в центральной Берингии около 15000 лет назад. A2a и A2b возникли намного позже: 3940 и 2570 лет назад соответственно при вычислении возраста при помощи ML-статистики (таблица 4), что служит аргументом в пользу существования длительного периода изоляции в берингийском рефугиуме. Обнаруженная нами у сирениковских эскимосов гаплогруппа D2a1b, чьи сестринские варианты выявлены в древних мтДНК Саккака и Дорсета и в ДНК современных командорских алеутов, но отсутствуют у неоэскимосов (науканцев) и чукчей, свидетельствует о том, что сирениковцы, скорее всего, являются потомками палеоэскимосов по материнской линии . Это наблюдение подтверждается тем, что язык сирениковских эскимосов не являлся диалектом прочих эски мосских языков, но отдельной языковой ветвью [Krauss, 2005].
Науканцы отличаются от прочих эскимосов, как на уровне мтДНК, так и на уровне яДНК. Мотив D4b1a2a1 – m.11383T C – m.14122A C – m.16093T C, обнаруженный у неоэскимоса культуры Туле и четырёх современных северо-американских инуитов, найден только у науканских эскимосов. f3-статистика и PCA отражают более близкое родство с инуитами и Туле, чем таковое у чаплинских и сирениковских.
По археологическим данным известно, что Алеутский архипелаг был заселён с востока на запад около 9000 лет назад [Veltre and Smith, 2009]. Продолжительное время существовала гипот еза, выдвинутая при проведении краниологических исследований [Hrdlika, 1939], согласно которой нео-алеуты вытеснили па лео-алеутов 1000 лет назад. Более поздние работы показали, что наблюдаемые изменения могут быть вызваны усложнением социальной структуры [Davis and Knetch, 2010; Misarti and Maschner, 2015; Maley, 2016].
Командорские острова колонизировали значительно позже, в 1825 1826 годах [Jochelson, 1933]. В настоящее время среди командорских алеутов преобладают межнациональные браки с русскоязычным населением, что приводит к утрате родного языка и этнической самоидентификации [Головко, 2001]. Эти процессы в полной мере отражены в их яДНК. В данном случае информация, хранящаяся в митохондриальном геноме, позволяет получить более достоверные сведения.
Анализ разнообразия мтДНК среди населения Командорских островов показал наличие 5 митогеномов не алеутского происхождения, у которых отсутствует мутация m.8910C A. Носители этих митогеномов сообщили, что их семейные истории ведут своё начало от американских индейцев (Р. И. Сукерник, 2001, 2007; не опубликованные данные). Эти данные совпадают с этнографичискими записями о присутствии тлингитских женщин среди коренных жителей Аляски - охотников на морского зверя, - которых Российско-Американская Компания в 1840 году пересилила из Ново-Архангельска (ныне Ситка) на юго-восток Аляски [Jochelson, 1933]. Подтверждением может служить обнаружение маркеров гаплогруппы D2a (m.16092T C, m.16129G A, m.16271T C) вблизи территории аляскинского полуострова в нескольких доколумбовых останках [Raff et al., 2003]. Вероятно, корневая гаплогруппа D2a, определяемая мутацией m.11959A G и её производные (D2a-m.16092T C)
ведут своё происхождение от популяции изначально обосновавшейся на юго-востоке Аляски. Так один современный алеут из выборки [Rubicz et al., 2003] и один апач (на-дене) из выборки [Torroni et al., 1993] имеют такой же вариант m.16092T C. Тот факт, что у ныне живущих тлингитов практически отсутствует гаплогруппа D2a может быть связано с сильным проявлением эффекта бутылочного горлышка, который сыграл важную роль в демографической истории российской Аляски [Dauenhauer and Dauenhauer, 2008]. Тлингиты также являются ближайшими родственниками с атабасками Аляски по результатам анализа частот аллелей гена HLA-DRB1 [Volodko et al., 2003]. Взятые вместе археологические, лингвистические и генетические данные, свидетельствуют о едином происхождении атабасков и коренных жителей северо-западного побережья (включая тлингитов), до их распространения по внутренней части Аляски [Ames and Maschner, 1999].