Содержание к диссертации
Введение
Глава 1. Обзор литературы 13
1.1 Разнообразие и функции микроорганизмов, ассоциированных с насекомыми 13
1.1.1 Места обитания микроорганизмов у насекомых 13
1.1.1.1 Кутикула 14
1.1.1.2 Кишечный канал 15
1.1.2 Таксономическое разнообразие микроорганизмов 16
1.1.3 Влияние микроорганизмов на фенотип насекомых 17
1.1.3.1 Питание 17
1.1.3.2 Защита от естественных врагов 19
1.1.3.3 Детоксикация токсинов: аллелохимические вещества растений и инсектициды 22
1.2 Биоразнообразие отряда Coleoptera 23
1.2.1 Семейство Scarabaeidae 26
1.2.2 Семейство Cucujidae 26
1.2.3 Семейство Pyrochroidae 27
1.2.4 Семейство Cerambycidae 28
1.3 Симбиотические взаимоотношения представителей отряда Coleoptera с различными микроорганизмами 30
1.3.1 Прокариотические сообщества кишечного канала отряда Coleoptera 33
1.3.2 Грибные сообщества кишечного канала отряда Coleoptera 36
1.4 Методы молекулярной биологии в исследовании различных микробиомов 38
1.5 Заключение 40
Экспериментальные исследования 41
Глава 2. Материалы и методы 41
2.1 Сбор материала и препарирование личинок 41
2.2 Идентификация личинок жуков 43
2.3 Анализ микробных сообществ кишечного канала у различных личинок 44
2.4 Реконструкция метагеномов бактериальных сообществ 46
2.5 Математическая обработка данных 46
Глава 3. Результаты исследований 47
3.1. Идентификация жесткокрылых 47
3.2 Разнообразие микробных сообществ в кишечном канале личинок семейств Scarabaeidae, Cucujidae и Pyrochroidae 49
3.2.1 Бактериальные сообщества, ассоциированные с кишечником личинок семейств Scarabaeidae, Cucujidae и Pyrochroidae 49
3.2.2 Архейные сообщества, ассоциированные с кишечником личинок семейств Scarabaeidae 55
3.2.3 Грибные сообщества, ассоциированные с кишечником личинок семейств Scarabaeidae, Cucujidae и Pyrochroidae 57
3.3 Разнообразие микробных сообществ в кишечном канале личинок семейства Cerambycidae 61
3.3.1 Бактериальные сообщества, ассоциированные с кишечником личинок семейства Cerambycidae 61
3.3.2 Грибные сообщества, ассоциированные с кишечником личинок семейства Cerambycidae 71
3.3.3 Реконструкция метагеномов бактериальных сообществ с применением программного обеспечения PICRUSt 78
Глава 4. Обсуждение результатов 85
4.1 Микробные сообщества пищеварительного тракта личинок жуков семейств Scarabaeidae, Cucujidae и Pyrochroidae 85
4.2 Микробные сообщества пищеварительного тракта личинок жуков семейства Cerambycidae 92
Заключение 103
Список сокращений и условных обозначений 105
Список литературы 106
- Защита от естественных врагов
- Бактериальные сообщества, ассоциированные с кишечником личинок семейств Scarabaeidae, Cucujidae и Pyrochroidae
- Грибные сообщества, ассоциированные с кишечником личинок семейства Cerambycidae
- Микробные сообщества пищеварительного тракта личинок жуков семейства Cerambycidae
Защита от естественных врагов
Живые микроорганизмы защищают насекомых-хозяев от патогенов и естественных врагов различными механизмами, которые не являются взаимоисключающими, включая конкуренцию за питательные вещества или пространство, производство токсинов, действующих против захватчика, и активацию функций иммунной системы насекомых, которые более вредны для захватчика, чем резидентов. Защитные свойства микроорганизмов, связанных с насекомыми, не обязательно являются специфическими приспособлениями к среде обитания насекомых и могут быть проявлениями их экологических особенностей. Например, микроорганизмы конкурируют между собой за ресурсы в почве и капле воды. Микроорганизмы могут защищать среду обитания насекомых от конкурирующих микроорганизмов, которые включают в себя патогены насекомых. Тем не менее, многие защитные функции микробиоты, вероятно, связаны с адаптациями к среде обитания насекомых, такими как новые микробные химические препараты против паразитоидов. В ходе коэволюции насекомых и населяющих их различных микроорганизмов совершенствуются защитные механизмы насекомых от токсичных веществ, поступающих от микробиоты и координируются время и количество производимых микробных токсинов для оптимизации защиты в особо уязвимых стадиях жизни насекомых.
Резидентные микроорганизмы могут предопределять результат взаимодействия насекомых с естественными врагами, но понимание лежащих в его основе механизмов является фрагментарным. Вторичный симбионт Hamiltonella defensa определяет устойчивость тлей к паразитоидам Aphidius ervi (Oliver et al., 2005), но не все Hamiltonella spp. имеют такие защитные механизмы. Изучаемая защитная функция была сопоставлена с бактериофагом в Hamiltonella spp. и конкретно с генами, кодируемыми фагом, для синтеза токсинов, такими как шигаподобный токсин, цитолептический расширяющийся токсин (Degnan, Moran, 2008). Другая группа токсинов, поликетидов, была вовлечена в опосредованную Pseudomonas защиту жуков Paederus против хищников (Piel, 2002) и в неопределенную защитную роль бактерии Profftella armatura, локализованной в бактериоцитах азиатской цитрусовой псиллиды Diaphorina citri (Nakabachi et al., 2013). Активные формы кислорода (АФК), вырабатываемые в кишечнике насекомых либо микроорганизмами, либо эпителием кишечника насекомого, могут иметь сильные противомикробные эффекты. Производство АФК при участии распространенных кишечных бактерий Enterobacter spp. в анофелиновых комарах подавляет развитие оокинет Plasmodium в ооцисты (Cirimotich et al., 2011), тогда как такие паразиты как Leishmania чувствительны к АФК, индуцированным некоторыми членами микробиоты кишечника (Diaz-Albiter et al., 2012).
Антимикробные соединения имеют особое значение для насекомых, живущих в замкнутых, влажных средах, где быстро развиваются условно-патогенные грибковые или бактериальные инфекции. Взрослые самки осы Philanthus triangulum смазывают ячейку, в которой развивается потомство, выделяемым секретом, содержащим антибиотики Streptomyces spp.; личинка впоследствии переносит секрет на поверхность кокона. Выживание снижается с 80% до 10% при удалении бактерий Streptomyces (Kaltenpoth et al., 2005). Аналогичным образом, взрослые жуки Dendroctonus rufipennis смазывают оральным секретом, содержащим бактерий древесину ели, вероятно, это защищает от антагонистических грибов, таких как Aspergillus spp. (Cardoza et al., 2006).
С эволюционной точки зрения, такое благоприятное воздействие резидентных микроорганизмов на насекомые, спровоцированное естественными врагами, можно отнести к симбиозу между микробиотой насекомых-хозяевами: сохранение микробиоты выгодно для жизни насекомых. Некоторые микробные партнеры могут, однако, реагировать на опосредованное патогенами/паразитоидами снижение фитнеса насекомых путем увеличения пролиферации и распространения по организму разрушающегося насекомого. Эти микробные резиденты у насекомых являются оппортунистическими патогенами. Одним из возможных примеров этого ответа является снижение вирулентности бакуловируса, заражающего Spodoptera exigua (Lepidoptera), обработанную антибиотиком для устранения микробиоты кишечника, по сравнению с необработанными гусеницами (Jakubowska et al., 2013).
Бактериальные сообщества, ассоциированные с кишечником личинок семейств Scarabaeidae, Cucujidae и Pyrochroidae
При исследовании микробных сообществ, ассоциированных с кишечником личинок жуков видов A. solstitiale, O. nasicornis, C. cinnaberinus и S. pectinicornis, было получено более 1.6 миллиона прочтений (16S рРНК) высокого качества, сгруппированных в 128 ОТЕ (оперативное определение, используемое для классификации групп тесно связанных организмов, соотнесенное с таксономическими категориями на основе 97% сходства нуклеотидных последовательностей гена 16S рРНК). Так, секвенирование ампликонов гена 16S рРНК покрывало большинство бактериальных филотипов, характерных для данных экологических ниш (Таблица 2).
Биоразнообразие кишечной микробиоты личинок оценивали по показателям альфа-разнообразия, которые отражают общее число видов и видовую насыщенность в отдельных сообществах. Сравнение показателей альфа-разнообразия бактериальных сообществ кишечника различных личинок проводили по равному числу прочтений – 27000. Так, рисунок 10 иллюстрирует диаграммы размаха основных показателей альфа-разнообразия микробных сообществ, ассоциированных с пищеварительным трактом личинок жуков. На основе проведенного анализа было выявлено, что бактериальные сообщества, ассоциированные с личинками жуков с различными пищевыми предпочтениями, различались, и бактериальные сообщества оказались наиболее разнообразными в образцах, полученных из содержимого кишечника видов O. nasicornis и A. solstitiale (Рисунок 10).
Состав и количество специфических бактериальных групп исследовали на разных таксономических уровнях, а именно на уровне филы, семейства и рода. Большинство идентифицированных операционных таксономических единиц принадлежало филам Proteobacteria (15-100% относительного распространения), Firmicutes (1-58%), Actinobacteria (2-32%) и Bacteroidetes (11-42%). В общей сложности во всех 12 образцах были детектированы представители 11 бактериальных фил.
Результаты таксономического анализа полученных последовательностей гена бактериальной 16S рРНК на уровне филы представлены на рисунке 11. Фила Proteobacteria оказалась доминирующей в кишечнике личинок жуков видов S. pectinicornis и C. cinnaberinus. Фила Firmicutes детектировалась как одна из мажорных групп в задней кишке личинок видов A. solstitiale и O. nasicornis. Члены филы Bacteroidetes были обнаружены в повышенных количествах в образцах, также полученных из содержимого кишечника личинок A. solstitiale и O. nasicornis. Представители филы Actinobacteria были обнаружены в разных соотношениях в образцах, полученных из кишечника большинства исследованных личинок. Следует дополнительно отметить, что филотипы, принадлежащие к филе Fusobacteria, были исключительно специфичны для всех проанализированных личинок вида C. cinnaberinus. Другими филами, представленными с процентом встречаемости более 1% хотя бы в одном образце оказались Chloroflexi, Planctomycetes, Synergistetes и фила-кандидат на подразделение TM7 (Рисунок 11).
В ходе таксономического анализа микробных консорциумов (на уровне семейства) в заднем отделе кишечника личинок A. solstitiale выявлены преимущественно такие бактериальные филотипы как Bacteroidaceae, Porphyromonadaceae (Bacteroidetes), Bacillaceae, Lachnospiraceae, Ruminococcaceae (Firmicutes), Desulfovibrionaceae (Proteobacteria), однако их соотношение у личинок варьировало (Рисунок 12). Микробные сообщества в заднем отделе кишечника личинок O. nasicornis были в основном представлены неклассифицированными членами порядка Actinomycetales (Actinobacteria), семействами Porphyromonadaceae, Rikenellaceae (Bacteroidetes), Turicibacteraceae, неклассифицированными бактериями порядка Clostridiales, а также семействами Lachnospiraceae, Ruminococcaceae (Firmicutes), Desulfovibrionaceae, Enterobacteriaceae (Proteobacteria).
Представители семейств Leptotrichiaceae (Fusobacteria) и Enterobacteriaceae (Proteobacteria) были в основном обнаружены у всех личинок вида C. cinnaberinus. Среди бактериальных сообществ кишечного тракта личинок вида S. pectinicornis также доминировало семейство Enterobacteriaceae (Proteobacteria), однако дополнительно были выявлены и другие важные бактериальные группы, характерные для определенных видов жесткокрылых (Рисунок 12).
На рисунке 13 показано относительное распространение основных бактериальных родов, идентифицированных среди кишечной микробиоты личинок семейств Scarabaeidae, Cucujidae и Pyrochroidae.
В таблице 3 представлены бактерии, обнаруженные в содержимом кишечника у всех особей определенного вида жесткокрылых.
Грибные сообщества, ассоциированные с кишечником личинок семейства Cerambycidae
В ходе выполнения работы было получено свыше 1 млн. высококачественных нуклеотидных последовательностей внутреннего транскрибируемого спейсера, находящегося между генами рибосомальных РНК (области ITS2). Однако четвертый образец A. aedilis и пятый образец C. herbstii были удалены из последующего анализа по причине недостаточного количества полученных прочтений (Таблица 7). В конечном итоге, последовательности области ITS2 были отнесены к 94 операционным таксономическим единицам, что ниже по сравнению с полученными бактериальными данными. В целом секвенирование области ITS2 охватило большинство грибных филотипов, обнаруженных во всех образцах (Таблица 7).
На рисунке 23 представлены диаграммы размаха значений основных показателей альфа-разнообразия (число OТЕ, индексы Шеннона, Чао 1 и Фишера) грибных сообществ кишечного тракта личинок жуков-ксилофагов из семейства Cerambycidae. Анализ полученных данных, связанный с расчетом показателей альфа-разнообразия, проводился по выбранному числу прочтений (2100 прочтений).
В целом сообщества грибов, ассоциированные с кишечным трактом личинок жуков семейства Cerambycidae, были менее разнообразны, чем кишечные сообщества бактерий данных видов жуков. На основе анализа показателей альфа-разнообразия заключено, что сообщества грибов кишечника личинок видов T. campestris и C. coriaceum оказались наиболее разнообразными, в то время как сообщества грибов личинок вида C. herbstii были отмечены как сообщества с низким видовым разнообразием (Рисунок 23).
Относительная численность грибов оценивалась на разных таксономических уровнях, в частности на уровне филы, семейства и рода.
Анализ полученных последовательностей ITS2 на уровне филы представлен на рисунке 24. Так, в ходе анализа кишечных ассоциаций личинок жуков-усачей были детектированы представители двух основных фил – Ascomycota и Basidiomycota. Нами было отмечено доминирование грибов филы Ascomycota в образцах всех личинок, тогда как Basidiomycota выступала в роли второй основной группы в образцах кишечного содержимого видов C. coriaceum и T. campestris. Дополнительно было установлено доминирование неклассифицированных членов Fungi в отдельных образцах (Рисунок 24).
Структура грибных сообществ кишечника личинок всех видов семейства Cerambycidae достаточно различались между собой. При анализе грибных ОТЕ кишечника личинок A. septentrionis в качестве основного таксона пяти образцов отмечено семейство Pichiaceae (Ascomycota). Грибы семейств Trichocomaceae и Saccharomycetaceae (Ascomycota) были специфическими для второй личинки, тогда как члены Sporidiobolales-Family Incertae sedis, Tremellales-Family Incertae sedis, Meruliaceae (Basidiomycota), Pleosporaceae и Leptosphaeriaceae (Ascomycota) преимущественно были обнаружены у седьмой личинки (Рисунок 25).
Члены семейства Pichiaceae и Saccharomycetales-Family Incertae sedis (Ascomycota) были обнаружены в образцах кишечного содержимого личинок A. aedilis, но в разных количествах. Дополнительно были отмечены и представители других семейств, но их обилие среди личинок варьировало (Рисунок 25).
Грибные ОТЕ, обнаруженные у личинок усачей видов C. coriaceum и T. campestris, были очень схожи и в основном представлены общими семействами Herpotrichiellaceae, Pichiaceae, Trichocomaceae и неизвестными грибами филы Ascomycota. Кроме того, несколько личинок отличались наличием различных базидиомицетов, в том числе представителей семейств Phanerochaetaceae и Sporidiobolales-Family Incertae sedis.
Как было отмечено, структура сообществ грибов кишечного тракта отдельных личинок C. herbstii была представлена неидентифицированными грибами. Среди грибных групп у других личинок данного вида были отмечены неизвестные члены порядка Capnodiales (характерно для CH_2), грибы Saccharomycetales-Family Incertae sedis, семейств Pleosporaceae, Pichiaceae и другие (численность зависела от особи) (Рисунок 25).
Грибные сообщества кишечного содержимого личинок рода Rhagium также были очень разнообразны. Члены семейств Debaryomycetaceae и Vibrisseaceae (Ascomycota) были отмечены как специфические филотипы у одной личинки R. mordax, неизвестные грибы Hypocreales, семейства Glomerellaceae и Onygenaceae (Ascomycota) в основном детектировались в кишечнике у второй личинки, в то время как члены Pezizomycotina-Family Incertae sedis и неизвестные грибы были обнаружены на высоких уровнях у третьей особи данного вида. У двух особей вида R. inquisitor большую долю в сообществах кишечного тракта занимали представители семейства Pichiaceae (Ascomycota), тогда как в грибном сообществе третьей особи доминировали грибы семейства Trichocomaceae (Ascomycota) (Рисунок 25).
На рисунке 26 представлена диаграмма относительного распространения родов грибов кишечной микробиоты личинок семейства Cerambycidae.
Микробные сообщества пищеварительного тракта личинок жуков семейства Cerambycidae
Личинки жуков семейства Cerambycidae при питании в обилии получают целлюлозу, гемицеллюлозу и лигнин, которые трудно переваривать (Zverlov et al., 2003). Кроме того, в древесных материалах содержание аминоазота находится на низком уровне (Shokralla et al., 2012). Поэтому исследование микрофлоры кишечника насекомых, обитающих в древесине и коре, важно для лучшего понимания потенциальной роли микроорганизмов кишечника в содействии питанию, биодеградации лигнина, целлюлозы, гемицеллюлозы, фиксации азота и детоксикации компонентов древесины. Кроме того, микроорганизмы в кишечнике жуков являются важными участниками ферментационных процессов.
Основная цель данной части работы состояла в том, чтобы охарактеризовать микробные консорциумы, населяющие кишечник личинок жуков, обитающих в коре и древесине, с использованием секвенирования фрагментов гена бактериальной 16S рРНК и области ITS2 у грибов. Изначально были идентифицированы личинки жуков, собранные на мертвых деревьях, включая A. septentrionis, A. aedilis, C. coriaceum, T. campestris, C. herbstii, R. mordax и R. inquisitor, с целью выявления различия между их микробными сообществами. Несмотря на то, что многие ферменты, необходимые для использования органических соединений, продуцируются самими жуками, многие важные ферменты также синтезируются транзиторными или симбиотическими микроорганизмами, ассоциированными с кишечником.
Примененный молекулярно-биологический подход показал, что, несмотря на некоторое совпадение, состав бактериальных и грибных сообществ в кишечнике личинок жуков семейства Cerambycidae имеет значительные различия в количествах ОТЕ, наиболее вероятно из-за транзиторных бактерий, занесенных в организм с различных субстратов (различные мертвые деревья), а также из-за отличающихся устойчивых микробных ассоциаций, характерных для определенных видов жуков. Дополнительно была выявлена связь исследуемых видов жуков, обитающих в коре и древесине, в основном с бактериальными филами Proteobacteria и Actinobacteria и филой грибов Ascomycota. Ранее было также показано, что члены этих бактериальных (Grnwald et al., 2010; Durand et al., 2015; Scully et al., 2013) и грибных (Hu et al., 2015; Kaltenpoth et al., 2014) фил населяют кишечник различных других видов жуков.
Сообщества в кишечнике личинок A. septentrionis были сложными и разнообразными при сравнении с другими жуками-усачами. Так, у этих личинок были выявлены роды Dietzia, Chryseobacterium, Bradyrhizobium, Burkholderia, Ralstonia, Amycolatopsis, Pseudomonas, неклассифицированные treptophyta, неклассифицированные ZB2, неклассифицированные Propionibacteriaceae и другие бактериальные группы в различных количествах (но их присутствие и обилие зависели от индивидуальных особенностей личинок). Виды рода Dietzia также обнаруживаются в различных объектах, включая пищеварительный тракт животных. Штаммы рода Dietzia, выделенные из личинок японского рогатого жука Trypoxylus dichotomus (Coleoptera: Scarabaeidae), показали высокую ксиланолитическую активность (Takeishi et al., 2006). Бактерии, принадлежащие к роду Chryseobacterium, могут быть целлюлолитическими (Liang et al., 2014), и аналогичные бактерии были ранее выделены из кишечного тракта многих насекомых-ксилофагов (Rizzi et al., 2013; Pourramezan et al., 2012). В процессе ферментации углеводов, осуществляемой этими и другими бактериями, идентифицированными в кишечнике A. septentrionis, образуется пул легкоусваиваемых метаболитов, который может использоваться хозяином в качестве источника энергии. Виды рода Bradyrhizobium (Menna, Hungria, 2011), а также несколько видов родов Ralstonia, Burkholderia (Chen et al., 2003) и Pseudomonas (Desnoues et al., 2003), выделенных из разных экологических ниш, также способны фиксировать азот, обеспечивая им хозяина. Кроме того, различные бактерии могут быть вовлечены в детоксикацию вторичных метаболитов растений и/или защиту от патогенов (Rizzi et al., 2013).
Различные представители семейства Enterobacteriaceae также были обнаружены в образцах содержимого кишечника A. aedilis в значительных количествах. Однако структура бактериальных сообществ у всех личинок A. aedilis также была сложной, и обнаруженные сообщества дополнительно включали Lactococcus spp., продуцирующих молочную кислоту, и неклассифицированные Streptophyta (но в зависимости от отдельной особи). Виды порядка Enterobacterales ранее были обнаружены в кишечнике многих других жуков, где они были вовлечены в процессы фиксации азота и катаболизма целлюлозы (Morales-Jimnez et al., 2012). Так, сбраживание углеводов бактериями рода Lactococcus приводит к образованию молочной кислоты, которая могла быть использована организмом-хозяином в качестве источника энергии (Felis, Dellaglio, 2007). Многообразные члены порядка Enterobacterales были также многочисленны в содержимом кишечника личинок-ксилофагов R. inquisitor, идентифицированные с применением методов клонирования и секвенирования гена бактериальной 16S рРНК (Grnwald et al., 2010).
В случае с личинками C. coriaceum, бактериальные филотипы, обнаруженные в их кишечнике, сильно отличались от других ранее выявленных у описанных видов жесткокрылых. Так, примененный подход показал, что их бактериальные сообщества в основном были представлены родами Wolbachia, Agrobacterium, Salinibacterium и Sodalis. Виды рода Wolbachia являются наиболее распространенными паразитами и широко распространены среди членистоногих, включая представителей отряда Coleoptera, однако также могут принадлежать и к эндосимбионтам (Heddi et al., 1999; Miller, 2013). Дополнительно, представители бактерий рода Sodalis также были описаны в ассоциации с мухами цеце (Dale, Maudlin, 1999) и клопами (Santos-Garcia et al., 2017). Члены рода Salinibacterium могли способствовать расщеплению ряда сахаров до органических кислот, тогда как виды рода Agrobacterium могли быть вовлечены в азотфиксирующую активность (Kanvinde, Sastry, 1990).
Несколько членов семейства Enterobacteriaceae, родов Dietzia, Salinibacterium, Sphingomonas и Luteibacter, а также некоторые азотфиксирующие представители родов Agrobacterium и Rhizobium, составляли большую долю в бактериальных сообществах в кишечнике личинок вида T. campestris (но в зависимости от индивидуальной личинки).
Бактерии Sphingomonas и Luteibacter, проявляющие различную метаболическую активность, могут расщеплять целлюлозу (Dumova, Kruglov, 2009; Lpez-Mondjar et al., 2016). Бактериальные филотипы, выявленные в кишечнике личинок вида C. herbstii, были тесно ассоциированы с кандидатом-филой на подразделение OD1 (класс ZB2) и порядком Burkholderiales, включая виды Burkholderia и Ralstonia, которые также способны фиксировать молекулярный азот (Chen et al., 2003), обеспечивая им насекомого-хозяина. Виды рода Burkholderia также были описаны как широкораспространенные симбионты жуков рода Lagria (Flrez et al., 2017) и клопов (Kikuchi et al., 2011). Другие бактериальные филотипы также были специфичны для личинок вида C. herbstii, но их присутствие и численность также зависели от особенностей исследованной личинки.
Структура бактериальных сообществ кишечника личинок жуков ксилофагов рода Rhagium была разнообразной. Так, две личинки R. mordax содержали высокие уровни различных членов Enterobacteriaceae, в то время как у третьей личинки R. mordax высоким содержанием отличались роды Ralstonia и Bradyrhizobium. Примененный подход дополнительно выявил сложное сообщество в кишечнике личинок вида R. inquisitor. Bacillus, Acinetobacter и неклассифицированные Enterobacteriaceae составляли подавляющее большинство бактериального сообщества одной личинки R. inquisitor, рода Ralstonia и Bradyrhizobium были специфичными для второй личинки, тогда как неидентифицированные Acidobacteriaceae, Acetobacteraceae, рода Burkholderia, Rhodanobacter были обильными в содержимом кишечника у третьей личинки R. inquisitor. Бактерии семейства Enterobacteriaceae (Groenewald, Smith, 2010) и рода Bacillus (Suh, Zhou, 2010) потенциально могут участвовать в метаболизме полисахаридов (в том числе целлюлозы), а также в процессах фиксации азота. Различные члены Enterobacterales были также обнаружены у личинок вида R. inquisitor, идентифицированные при помощи методов клонирования/секвенирования 16S рРНК в работе Grnwald et al. (2010).