Введение к работе
Актуальность проблемы. Сложность таксономического анализа грибов обусловлена значительной изменчивостью широко используемых морфологических и биохимических признаков. Особенно неясна систематика дейторомицетов - искусственной группы грибов, объединенных по признаку отсутствия полового процесса. В этой связи оказывается неприменимым основной критерий биологического вида -скрещиваемость родительских культур-и фертильность потомстпа. Однако,, природные системы - биологические виды у дейтерошщетов существуют к могут быть выявлены на основе анализа ДІЙ. Благодаря новому ынтоду изучения геномов - полимеразной цепной реакции с угашероальшши прайшэраш /УП-ПЦР//Булат и др., 1989/ - удается амплифицировать in vitro фрагменты из множества локусав генома, которые поело разделения в голе представляют специфические ПЦР-паттерны» Перекрестная блот-гибридизация амплифицироваиной ДНК показывает ее гомологию и, выявляя таким образом генетическое единство штаммов, предлагается авторами метода в качество наи-. более общего критерїія биологического вида.
Рибосомная ДНК является давко известным эволюциошгым маркером. В последние года, применение универсальных для грибов рДНК-прай-меров позволяет амплифкцировать фрагменты рДНК ранее не изучавшихся грибоа для последующего филогенетического анализа.
Auraobaaidiun - дрояжеподобнкэ грибы, таксономия которых недостаточно ясна: выделяют от І / віііа,І97І/ до 14 видов / Heraasidan-llijhof ,1977/, составляв::; этот род, основываясь подчас на малых морфологических ила апологических различиях. Геном этих грибов остается попти неизученным. В этой связи было актуально пркмзшіть гфитерпЗ рДНК и мотод УП-ПЦР для изучения генетической изменчивости штаммов д.рііліііаг-з , имеющего прак-гичеехгуя :»t iiFoc'-j. п качестве продуцента биологически активнкх
Цель и задачи исследования. Цель работы заключалась в генетической дифференциации штаммов A.pullulana методом полимеразной цепной реакции геномной ДНК, Конкретные задачи были следующими: I,изучить изменчивость ачшшфицированной рДНК{ 2.провести филогенетический анализ штаммов A.pullulana на основе рДНК-подиморфизма компьютерными методами; 3.дифференцировать биологические виды Aureobaaidiura методом УП-ПЦР; 4.изучить генетическу» изменчивость
штаммов методом УП-ПЦР.
Научная новизна и практическая ценность работы. Подтверждена пригодность метода УП-ПЦР для генетической дифференциации биологических видов: на примере такономического вида A.pullulana показано, что гомология амплифу '.ированной с универсальными примерами ДНК, отражая генетическое единство штаммов, может служить наиболее общим критерием биологического вида, пригодным и для агамных организмов.
Впервые проведен филогенетический анализ штаммов A.pullulana основанный на компьютерной обработке рестрякционного рДНК-поли-мор|)изма с помощью пакета pihlip 3.3.
Показан сборный характер A.pullulana , включающего, по крайней мере, три самостоятельных биологических вида Aureobaoidium. Пять штаммов A.pullulana переопределено как Homioneaa пр.. Предложено использовать негативную КзаІ- рестрикцию изученного фрагмента рДНК для диагноза таксономического вида A.pullulana. Для быстрого корректного филогенетического анализа штаммов. Auroobaaldiun на основе рДНК предложено использовать две рест-риктазы - Alul и lispl.
Положения, выносимые на защиту. I.Подтверждение пригодности метода УП-ПЦР для идентификации биологических видов и дифференциации, штаммов грибов poflaAureobaoldluia . 2.Доказатзльство применимости компьютерных методов для филогенетического анализа
A.pullulano на основа рДНК-полиморфизма. З,Обоснование на основа УП-ПЦР дивергентного состояния двух биологических видов, входящих В таксономический вид A.pullul^a.
Апробация работы. Материалы диссертации были доложены на 15 Меядународном специализированной симпозиуме по дрожкам /Рига,1991/ и на заседаниях С.-Петербургского общества микробиологов и эпидемиологов /13,X.1992/ и кафедры микробиологии СПбХМ.
.Структура и объем диссертации» Диссертация состоит из введения, обзора литературы по теме исследования /3 главы/, экспериментального раздела, включаетцэго результаты собственных исследований и материала и методы /3 главы/, обсуждения полученных результатов и выводов.