Содержание к диссертации
Введение
Глава 1. Эпидемиология инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи, вызванныхбактериями рода enterococcus (Обзор литературы). 14
1.1. Клинико-эпидемиологические особенности инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи, вызванных бактериями рода Enterococcus 15
1.2. Тактика лечения инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи, вызванных бактериями рода Enterococcus 27
1.3. Факторы риска развития инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи, вызванных бактериями рода Enterococcus 32
1.4. Молекулярно-генетические особенности ванкомицин-резистентных штаммов бактерий рода Enterococcus 34
1.5. Противоэпидемические мероприятия, направленные на элиминацию ванкомицин-резистентных штаммов бактерий
рода Enterococcus 36
Глава 2. Материалы и методы 39
2.1. Выявление отделений риска 40
2.1.1. Исследование точечной превалентности 40
2.2. Выявление эпидемиологических особенностей эпидемическо го процесса инфекций, вызванных бактериями рода Enterococ cus, в отделениях риска 42
2.2.1. Эпидемиологический анализ данных микробиологического мониторинга 42
2.2.1.1. Отделение реанимации новорожденных детей и патологии новорожденных детей 42
2.2.1.2. Отделение трансплантации костного мозга для подростков 43
2.2.2. Исследование точечной превалентности по эпидемических показаниям 44
2.3. Микробиологические исследования и молекулярно генетическое типирование 45
Глава 3. Выявление отделений риска циркуляции ванкомицин-резистентных энтерококков 49
3.1. Отделение реанимации новорожденных 49
3.2. Отделение патологии новорожденных 56
3.3. Отделение общей детской хирургии 62
3.4. Отделение трансплантации костного мозга для подростков 62
3.5. Отделение онкологии желудочно-кишечного тракта и молочной железы 68
3.6. Отделение гемодиализа 71
3.7. Отделение урологии 72
Глава 4. Характеристика эпидемического процесса VRE в отделениях реанимации новорожден ных детей и патологии новорожденных детей 77
4.1. Ретроспективный анализ в отделении реанимации новорожденных детей 77
4.2. Проспективное наблюдение в отделениях реанимации новорожденных детей и патологии новорожденных детей 93
Глава 5. Характеристика эпидемического процесса vre в отделении трансплантации костного мозга для подростков 97
5.1. Проспективное наблюдение 97
5.2. Анализ данных микробиологического обследования пациентов НИИ им. Р.М. Горбачевой 100
5.3. Исследование точечной превалентности по эпидемиологическим показаниям 103
Заключение .
- Тактика лечения инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи, вызванных бактериями рода Enterococcus
- Выявление эпидемиологических особенностей эпидемическо го процесса инфекций, вызванных бактериями рода Enterococ cus, в отделениях риска
- Отделение трансплантации костного мозга для подростков
- Проспективное наблюдение в отделениях реанимации новорожденных детей и патологии новорожденных детей
Введение к работе
Актуальность темы исследования. Бактерии рода Enterococcus являются
частью нормальной микробиоты человека. Данный род микроорганизмов очень
разнообразен в своем видовом составе, но по литературным данным, большинство
инфекций вызывают только два вида бактерий рода Enterococcus – Enterococcus
faecalis и Enterococcus faecium (Morris J.G. et al, 1995). В конце 90-х годов XX ве
ка, бактерии рода Enterococcus были названы одними из основных микроорганиз
мов, вызывающих внутрибольничные инфекции (Nallapareddy, S.R. et al., 2002).
Частота инфекций, вызванных данными микроорганизмами, зависит от специфи
ки стационара или отделения. Наибольшая частота была отмечена в отделении
трансплантации (13,2 случаев на 1000 поступлений) (Morris J.G. et al, 1995). Бак
терии рода Enterococcus вызывают целый ряд инфекций, включая, такие тяжелые
инфекции как инфекции мочевого тракта, катетер-ассоциированные инфекции
мочевого тракта, инфекции кровотока, инфекции в области хирургического вме
шательства, сердечных клапанов при эндокардите (Goh H.M. et al., 2017). Еще
большую актуальность, как возбудители ИСМП, бактерии рода Enterococcus по
лучили после появления штаммов, резистентных к ванкомицину и линеозолиду.
По данным ECDC уровень резистентности E.faecium к ванкомицину (VRE) в Ев
ропе в 2015 году составлял 8,3%
().
По данным канадской программы эпидемиологического наблюдения за инфекциями, с 1999 года по 2005 год частота колонизации VRE увеличилась с 0,37 до 1,32 случаев на 1000 госпитализированных пациентов, а частота инфекций, вызванных VRE, увеличилась с 0,02 до 0,05 случаев на 1000 госпитализированных пациентов (Ho C. et al., 2013).
Обладая хорошей устойчивостью во внешней среде, VRE легко передаются через руки или одежду медицинских работников, или через контаминированные инструменты и объекты больничной среды (Muto C.A. et al., 2003).
Степень разработанности темы исследования. В настоящее время известно, что VRE является одним из главных инфекционных агентов в любом стационаре, а госпитальные инфекции, вызванные данным микроорганизмом, находятся под пристальным вниманием не только врачей по инфекционному контролю, но и врачей всех клинических специальностей. Характерной чертой данного возбудителя является быстрое распространение от пациента к пациенту, что приводит к возникновению целых вспышек в больницах (Sharma M. et al., 2012; Gedik H. et al., 2014; Cattoir V. et al., 2013; Salgado CD., 2008; Benzer D. et al. 2012; Iosifidis E. et al., 2013; Papanicolaou G. A. et al., 1996; Ford C.D. et al., 2015).
В связи с увеличением числа сообщений о VRE, встает вопрос о лечении данных инфекций, а также о ведении правильной антибактериальной политики, с
целью предупреждения распространения VRE. В Европе, увеличение уровня VRE было преимущественно связано с передачей данного штамма от продуктов животного происхождения к людям, что явилось результатом использования глико-пептидного антимикробного препарата авопарцина в качестве промотора роста домашнего скота (Acar J. et al., 2000). В США рост уровня VRE произошел из-за увеличивающегося использования гликопептидного антибиотика ванкомицина в медицине (Kirst H.A. et al., 1998).
Однако, до настоящего времени, еще не до конца изучен механизм развития эпидемического процесса ИСМП, вызванных бактериями рода Enterococcus, в отделениях различного профиля. Нет четкого мнения об отделениях риска, в которых необходим мониторинг за ванкомицин-резистентными энтерококками. Мероприятия по отношению к пациентам, инфицированным VRE, сильно различаются в руководствах разных стран и авторов. Все указанное свидетельствует об актуальности исследований, предопределяет необходимость разработки обоснованных профилактических мероприятий, на основе тщательного изучения специфических особенностей развития эпидемического процесса инфекций, вызванных бактериями рода Enterococcus, в отделениях различного профиля.
Цель исследования – выявить особенности эпидемического процесса инфекций, вызванных бактериями рода Enterococcus, в отделениях высокого риска и разработать систему профилактических и противоэпидемических мероприятий.
Задачи исследования:
-
Выявить отделения высокого риска инфицирования бактериями рода Enterococcus.
-
Изучить проявления эпидемического процесса, вызванного бактериями рода Enterococcus, в отделениях высокого риска инфицирования.
-
Выявить группы и факторы риска развития инфекций, вызванных бактериями рода Enterococcus.
-
Выявить генетические особенности популяции бактерий рода Enterococcus, циркулирующих в отделениях высокого риска.
-
Разработать систему профилактических и противоэпидемических мероприятий, направленных на снижение частоты инфекций, вызванных бактериями рода Enterococcus в отделениях высокого риска.
Научная новизна исследования. В результате данного исследования впервые показано развитие эпидемического процесса инфекций, вызванных бактериями рода Enterococcus в отделениях разного медицинского профиля, выявлены отделения риска инфицирования данными микроорганизмами.
Впервые изучена генотипическая (клональная) характеристика штаммов бактерий рода Enterococcus, обусловливающих связанные случаи заболеваний в лечебно-профилактических учреждениях с высоким риском экзогенного инфици-
рования. Показано распространение клональных штаммов VRE в стационарах города Санкт-Петербурга.
Разработана система микробиологического мониторинга за циркуляцией VRE в отделениях риска, где важную роль играет не только выявление клинических форм инфекций, но также слежение за колонизацией пациентов данными микроорганизмами и контаминацией объектов больничной среды.
Теоретическая значимость исследования. Определены отделения высокого риска инфицирования пациентов энтерококками с множественной лекарственной устойчивостью, в первую очередь к ванкомицину. Выявлены эпидемиологические особенности эпидемического процесса VRE: интенсивность эпидемического процесса, факторы риска колонизации VRE, пути и факторы передачи. Показано, что помимо циркуляции VRE внутри стационаров, высока вероятность их внебольничной циркуляции.
Практическая значимость исследования. Разработана система микробиологического мониторинга за циркуляцией ванкомицин-резистентных штаммов бактерий рода Enterococcus в отделениях реанимации новорожденных детей, патологии новорожденных детей и трансплантации костного мозга для подростков.
Внедрены в практику профилактические и противоэпидемические мероприятия в отделениях данного профиля.
Внедрение результатов в практику. Результаты работы внедрены в клиническую практику отделения реанимации и интенсивной терапии для новорожденных детей и педиатрических отделениях для новорожденных детей №1 и №2 Санкт-Петербургского государственного бюджетного учреждения здравоохранения «Детская городская больница №17 Святителя Николая Чудотворца» (190121, Санкт-Петербург, ул. Декабристов, д. 40, лит.А, тел: (812) 714-00-01) (Акт внедрения от 18.01.2017 г.). Материалы исследования используются при обучении студентов VI курса Медико-профилактического факультета на кафедре эпидемиологии, паразитологии и дезинфектологии федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего образования «Северо-Западный государственный медицинский университет имени И.И. Мечникова» Министерства здравоохранения Российской Федерации (191015, Санкт-Петербург, ул. Ки-рочная, д. 41, тел: (812) 303-50-00) (Акт внедрения от 22.03.2017г.).
Методология и методы исследования. Данная работа представляет собой
совокупность эпидемиологических, микробиологических, молекулярно-
генетических и статистических методов. Объектом исследования являлись отделения различного медицинского профиля. Профиль отделений был выбран при анализе литературных данных, целью которого являлось выявление отделений, в которых описаны факты распространения инфекций, вызванных бактериями рода Enterococcus.
Исследованию подлежали пациенты, поступающие в отделения, как в плановом, так и в экстренном порядке, объекты окружающей среды, медицинская документация.
Методы исследования:
1. Исследование точечной превалентности с целью выявления отделений
высокого риска распространения эпидемически опасных штаммов бактерий рода
Enterococcus - трехкратное в каждом стационаре: отделение реанимации ново
рожденных детей, отделение патологии новорожденных детей, отделение детской
хирургии, отделение онкологии органов желудочно-кишечного тракта и молочной
железы, отделение трансплантации костного мозга для подростков, три отделения
гемодиализа, отделение урологии.
2. Проспективное эпидемиологическое наблюдение с целью выявления
групп и факторов риска развития ИСМП, вызванных бактериями рода
Enterococcus.
-
Ретроспективный анализ в отделении реанимации новорожденных детей за период: январь 2001г. - июль 2014г.
-
Микробиологические методы.
5. Молекулярно-генетические методы для выявления молекулярно-
генетических особенностей штаммов, имеющих преимущественное распростра
нение в отделениях различного профиля.
Положения, выносимые на защиту:
-
Отделениями высокого риска инфицирования пациентов бактериями рода Enterococcus с множественной лекарственной устойчивостью, являются отделение реанимации новорожденных детей, отделение патологии новорожденных детей, отделение трансплантации костного мозга для подростков.
-
В отделениях высокого риска инфицирования пациентов бактериями рода Enterococcus, требуется внедрение микробиологического мониторинга не только за клиническими формами инфекций, но также и за колонизацией пациентов штаммами данных возбудителей с множественной лекарственной устойчивостью для своевременного вмешательства в эпидемический процесс.
-
Выделение VRE, относящихся к одному MLVA типу, в двух и более отделениях различного медицинского профиля, а также увеличение частоты заносов VRE в стационары свидетельствуют о вероятности циркуляции возбудителя вне стационаров, что обосновывает необходимость разработки и внедрения эпидемиологического надзора за VRE на городском и региональном уровнях.
Степень достоверности результатов исследования. В ходе выполнения работы был использован комплекс современных и оригинальных методов и способов сбора, описания и анализа данных.
Степень достоверности полученных результатов обусловлена системным подходом с применением современных эпидемиологических, микробиологических, молекулярно-генетических и статистических методов, обширностью и разнообразием репрезентативного материала, полученного за длительный период и включающим результаты трехкратного исследования точечной превалентности в отделениях различного медицинского профиля, в которое было включено 228 пациентов, проспективного эпидемиологического наблюдения за 464 пациентами отделений высокого риска, ретроспективного анализа 62 841 исследования клинического материала от 1961 пациента отделения реанимации новорожденных детей, а также высокой чувствительностью и специфичностью использованных молекулярно-генетических методов исследования.
Сформулированные в диссертации положения, выводы и рекомендации аргументированы, и логически вытекают из системного анализа значительного объема материала и результатов выполненных разноплановых исследований и подтверждены фактическим материалом. Достоверность полученных результатов и выводов обеспечена использованием адекватных и современных методов исследования, методик проведения расчетов, достаточным объемом анализируемых материалов, апробацией результатов и положений в рецензируемых журналах.
На обширном фактическом материале с эпидемиологических позиций выявлены эпидемиологические особенности эпидемического процесса VRE: интенсивность эпидемического процесса, факторы риска колонизации VRE, пути и факторы передачи; разработана и внедрена система микробиологического мониторинга за циркуляцией ванкомицин-резистентных штаммов бактерий рода Enterococcus в отделениях высокого риска.
Апробация результатов исследования. Основные положения, изложенные
в диссертации доложены и обсуждены на: Всероссийской научно-практической
конференции по медицинской микробиологии и клинической микологии (XVII
Кашкинские чтения) (Санкт-Петербург, 2014); Всероссийской научно-
практической конференции с международным участием «Инфекции и инфекционная безопасность в гематологии и Службе крови» (Санкт-Петербург, 2014); Всероссийской научно-практической конференции с международным участием «Профилактическая медицина - 2015» (Санкт-Петербург, 2015); Российско-китайской научно-практической конференции по медицинской микробиологии и клинической микологии (XIX Кашкинские чтения) (Санкт-Петербург, 2016).
Диссертационная работа апробирована на заседании кафедры эпидемиологии, паразитологии и дезинфектологии ФГБОУ ВО «Северо-Западный государственный медицинский университет имени И.И. Мечникова» Минздрава России (протокол совещания № 5 от 20 марта 2017 г.).
Организация и проведение диссертационного исследования одобрены Комитетом по вопросам этики при ФГБОУ ВО «Северо-Западный государственный медицинский университет имени И.И. Мечникова» Минздрава России (протокол №2 от 15.02.2017 г.).
По теме диссертации опубликовано 12 научных работ, в том числе 5 статей в журналах, входящих в перечень научных рецензируемых изданий, рекомендованных ВАК Министерства образования и науки Российской Федерации.
Личный вклад автора. Определение целей и задач, разработка системы эпидемиологического надзора, эпидемиологические исследования, обработка материала, внедрение и оценка эффективности профилактических и противоэпидемических мероприятий были полностью выполнены автором. Эпидемиологическое наблюдение в Научно-исследовательском институте гематологии, трансплантологии и онкологии имени Р.М. Горбачевой Первого Санкт-Петербургского государственного медицинского университета имени академика И.П. Павлова проводилось совместно с врачами гематологами д.м.н., профессором Л.С. Зуба-ровской и к.м.н. М.Ю. Аверьяновой. Молекулярно-генетическое типирование проводилось совместно с доцентом кафедры эпидемиологии, паразитологии и дезинфектологии СЗГМУ им. И.И.Мечникова к.м.н. А.Е. Гончаровым.
Объем и структура работы. Диссертация изложена на 149 страницах машинописного текста, иллюстрирована 47 рисунками и 33 таблицами, состоит из введения, обзора литературы, главы «Материалы и методы», 3 глав собственных исследований, заключения, выводов, практических рекомендаций, списка литературы, приложений. Список литературы включает 151 источник, в том числе 19 работ отечественных и 132 – зарубежных.
Тактика лечения инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи, вызванных бактериями рода Enterococcus
Высоким риском развития инфекций, вызванных VRE, обладают пациенты с нейтропенией (OR-12,46; 95% ДИ 1,53-101,21; p=0,018), в особенности пациенты отделений гематологии и онкологии (OR-7,96, 95% ДИ 1,61–39,37; p=0,011) [8], [140]. Papanicolaou G.A. с соавторами доказал, что инфекция, вызванная VRE, была фактором риска летальности пациентов, перенесших пересадку печени [96]. Linden P.K. с соавторами сообщила, что летальность, связанная с инфекциями, вызванными бактериями рода Enterococcus, составляла 46% у реципиентов после пересадки печени с бактериемией, вызванной VRE, тогда как летальность у больных с бактериемией, вызванной ванкомицин-чувствительными штаммами бактерий рода Enterococcus (далее -VSE), составляла 25% [43]. Аналогичное исследование Banach D.B. с соавторами включало 61 пациента, которые были обследованы на носительство VRE перед трансплантацией печени. Из 61 пациента - 27 (44%), были колонизированы VRE. Многофакторный анализ показал, что катетеризация центральной вены (OR-9,4; 95% ДИ 1,3-70,2; p=0,03) и использование антибактериального препарата рифаксимина (OR-15,4; 95% ДИ 1,5-159,7; p=0,02) были факторами риска в предтрансплантационном периоде для развития колонизации VRE. А колонизация VRE в предтрансплантационный период приводила к удлинению времени пребывания пациента в стационаре после проведения транс 18 плантации (26,6 против 16,1 дней, p=0,04) [128]. Развитие вторичных бактериальных осложнений у пациентов, перенесших трансплантацию, является одной из первых причин смерти у данного контингента больных. Исследование Kim Y.J. с соавторами из Кореи описывает развитие холангита, перитонита, ИМВП. Из 21 пациента, которые были колонизированы VRE до проведения трансплантации, после проведения трансплантации у 5 (23,8%), развилась инфекция, вызванная VRE (два случая холангита и три случая перитонита). Из 84 пациентов, которые не были колонизированы VRE до проведения трансплантации, у трех (3.6%) была выявлена инфекция, вызванная VRE (два случая холангита и один случай инфекции мочевыводящих путей). Летальность пациентов, которые колонизировались VRE после трансплантации, составляла 33,3% по сравнению с летальностью 15,5% у больных, которые не были колонизированы VRE и 8,1%, у больных, колонизированных VRE до проведения операции по трансплантации печени. Различия в показателях летальности среди групп пациентов были статистически значимы (p=0,04) [31].
Пациенты онкогематологических отделений также имеют высокий риск развития инфекции, вызванной VRE. По данным многоцентрового исследования, проведенного в 7 гематологических стационарах 5 городов России с 2003г. по 2008г. в 10,3% случаев бактерии рода Enterococcus были возбудителями сепсиса [7]. За последние пять лет проведено множество крупных исследований по данной проблеме, с отражением факторов риска возникновения инфекции/колонизации VRE у данной категории больных. Так, в одном из исследований, было проанализированы данные о 214 пациентах с острым лейкозом. Частота колонизации VRE была прямо пропорциональна длительности госпитализации и была выше у больных с острым лимфобластным лейкозом. Факторы риска, связанные с колонизацией VRE, включали назначение кортикостероидов (p=0,004) и карбапенемов (p=0,009). У колонизированных пациентов с острым миелогенным лейкозом был повышенный риск развития инфекции кровотока, вызванной VRE (p=0,002). Другие факторы риска включали тяжелую нейтропению (p=0,04) и диарею (p=0,008). Пятьдесят восемь процентов пациентов, имеющих инфекцию кровотока, выделя 19 ли идентичные штаммы VRE [62]. В исследовании Gedik H. с соавторами, проведенном в Турции было проанализировано 282 эпизода нейтропении у 126 пациентов онкогематологического стационара. Из 126 пациентов 50 пациентов (39,68%) были колонизированы VRE, и среднее число дней колонизации VRE у пациента было 34,27±13,12 дней. Только два пациента развили бактериемию: пациент с не-ходжкинской лимфомой, который пережил инфекцию и пациентка с острым лейкозом, которая умерла от бактериемии, вызванной VRE [138]. В исследовании Satlin M.J. с соавторами, проведенном в Нью-Йорке с сентября 2007 года по декабрь 2011 года, VRE был наиболее распространенным инфекционным агентом у пациентов, перенесших аллогенную трансплантацию гемопоэтических стволовых клеток костного мозга и четвертым наиболее распространенным инфекционным агентом у пациентов, перенесших аутогенную трансплантацию. Развитие септического шока и 7-дневная летальность составляли 12% и 18% соответственно у пациентов с бактериемией, вызванной VRE [131].
Наблюдение Vydra J. с соавторами в Миннесоте включало 752 пациента, которые получили гемопоэтическую пересадку стволовых клеток с 2004 года по 2008 год в Миннесотском университете. У 93 пациентов была инфекция кровотока, вызванная бактериями рода Enterococcus, которая возникала в течение первого года после пересадки стволовых клеток. Резистентность штаммов Enterococcus к ванкомицину наблюдалась у 66% взрослых и у 31% детей. Колонизация VRE, до или после пересадки, была фактором риска для развития бактериемии, вызванной VRE (OR=3,3; 95% ДИ 1,3-8,3) и (OR=7,0; 95%, ДИ 4,0-14,8), соответственно [50]. Существует и разница между развитием инфекций, вызванных VRE у пациентов, перенесших аллогенную или аутогенную пересадку стволовых клеток костного мозга. Satlin M.J. с соавторами обнаружили, что VRE был наиболее распространенной причиной бактериемии у пациентов, перенесших аллогенную трансплантацию. Почти один из шести аллогенных реципиентов гемопоэтических стволовых клеток (далее HSCT) развивал бактериемию, вызванную VRE, в течение одного года после трансплантации; тогда как, удельный вес бактериемии VRE у пациентов, перенесших аутогенную трансплантацию HSCT составлял приблизи 20 тельно 4%. Бактериемия VRE встречалась чаще всего в период развития нейтро-пении, у пациентов, получающих антибактериальные препараты в-лактамного ряда. Напротив, бактериемия VRE не встречалась у пациентов в период нейтропе-нии, которые не получали антибактериальные препараты [131].
Бактерии рода Enterococcus – это вторая наиболее распространенная причина инфекционного эндокардита (ИЭ). По исследованиям зарубежных авторов, от 5% до 20% случаев эндокардита [77], вызванного VRE E.faecalis, связано с катетеризацией центральных вен, пересадкой печени и инфицированием митрального клапана, тогда как эндокардит, вызванный VRE E.faecium, связан с инфицированием трехстворчатого клапана [119].
Бактерии рода Enterococcus являются третьей по частоте причиной возникновения инфекций мочевого тракта у госпитализированных пациентов [61]. Данные микроорганизмы в 15% случаях являются возбудителями катетер-ассоциированных инфекций мочевого тракта [23]. Эти микроорганизмы обнаруживались у пациентов с циститом, пиелонефритом, с катетер-ассоциированной инфекцией мочевого тракта и бессимптомной бактериурией [126].
Выявление эпидемиологических особенностей эпидемическо го процесса инфекций, вызванных бактериями рода Enterococ cus, в отделениях риска
Исследование клинического материала проводилось рутинными микробиологическими методами согласно приказу Минздрава СССР от 22 апреля 1985 г. N 535 «Об унификации микробиологических (бактериологических) методов исследования, применяемых в клинико-диагностических лабораториях лечебно-профилактических учреждений». Смывы с объектов внешней среды забирались стерильным ватным тампоном с участка 10x10 см. Тампоны помещались в 1% сахарный бульон. После инкубации при 37С в течение 24 часов производился пересев на кровяной агар и среду «Энтерококк-агар».
Для выделения бактерий рода Enterococcus из проб биоматериала использовали стандартную селективную среду «Энтерококк-агар», производство город Оболенск, Россия. Штаммы бактерий рода Enterococcus идентифицировали до вида E.faecium и E.faecalis в полимеразно-цепной реакцией с электрофоретической детекцией по наличию видоспецифических генов, кодирующих синтез D-аланин лигазы [47]. Используемые ДНК праймеры указаны в таблице 4.
Исследование чувствительности к антимикробным препаратам проводилось диско-диффузионным методом согласно МУК 4.2.1890-04 «Определение чувствительности микроорганизмов к антибактериальным препаратам» и Клиническим рекомендациям по определению чувствительности микроорганизмов к антимикробным препаратам EUCAST, 2014 [www.eucast.org]. На поверхность плотной питательной среды Мюллер-Хинтон наносили 10 мкл. суспензии бактерии по оптической плотности соответствующей стандарту мутности 0,5 McFarland. Чувствительность к АМП определялась к следующим препаратам: ампициллин, ген-тамицин, ванкомицин, амикацин, левофлоксацин, ципрофлоксацин, линезолид. Диски с АМП использовались двух производств: ЗАО «НИЦФ» (Санкт-Петербург, Россия), НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера (Санкт-Петербург, Россия). Нагрузка антимикробных препаратов (мкг) на используемые диски указана в таблице 5.
При определении чувствительности к ванкомицину диско-диффузионным методом результат оценивался следующим обрзом - при четкой границе зоны подавления роста, диаметр зоны более 14 мм, изолят оценивался как чувствительный; при нечеткой границе зоны подавления роста изолят оценивался как резистентный, даже если диаметр зоны подавления роста был более 14 мм.
При выявлении высокого уровня резистентности к гентамицину (диаметр зоны подавления роста менее 6 мм.) результат оценивался как резистентный и к амикацину.
При выявлении устойчивости к ампициллину, штамм расценивался как устойчивый к карбапенемам на основании экспертного правила 8.6. Клинических рекомендаций по определению чувствительности микроорганизмов к антимикробным препаратам EUCAST, 2014 Подтверждение устойчивости к ванкомицину осуществлялось амплификацией кассет ванкомицин-резистентности vanA и vanB согласно методике предложенной Dutka-Malen S. et al. [47].
Для выделения ДНК бактерий рода Enterococcus использовали суточные агаровые культуры, ДНК выделялась при помощи использования коммерческого реагента «ДНК-экспресс» (производство НПФ «Литех», Россия) согласно инструкции производителя. При постановке ПЦР использовали следующий состав реакционной смеси:
Реакции проводились на амплификаторах CFX96 (производство Bio-Rad, США), «Терцик» (производство «ДНК-Технология», Россия) и Mastercycler (производство Eppendorf AG, Германия).
Визуализация ПЦР-продуктов осуществлялась при помощи реакции электрофореза в 1% агарозном геле (производство «Хеликон», Россия) в присутствии бромистого этидия при 165 Вт в 1xTBE буфере (производство «Вектон», Россия) в течение 30 минут при проведении исследований на наличие кассет ванкомицин-резистентности vanA и vanB, и в течение 45 минут при проведении RAPD-ПЦР и VNTR-анализа. В качестве молекулярного маркера брали 100bp DNA ladder (производство ООО «СибЭнзим», Новосибирск, Россия)
Молекулярно-генетическое типирование VRE методом ПЦР со «случайными» праймерами (RAPD-ПЦР) проводилась с применением универсального прай-мера R5 (5 -AACGCGCAAC-3 ) в концентрации 50 пмоль/мкл согласно условиям реакции предложенным Martin B. et al. [64]. Данная реакция проводилась с целью установления одноклональной принадлежности штаммов Enterococcus faecium, которые несли одинаковую кассету ванкомицин-резистентности. VNTR-анализ проводился с использованием методики, предложенной J. Top et al. [90]. Верификация результатов проводилась при помощи построения фило генетического дерева с использованием интернет-ресурса http://insilico.ehu.es/dice_upgma. Статистическая обработка данных проводилась с использованием программ EpiInfo, SPSS (версия 13,0), WHONET 5.6.
Отделение трансплантации костного мозга для подростков
Частота колонизации пациентов бактериями рода Enterococcus составляла 90,0 на 100 пациентов. Ванкомицин-резистентного энтерококка обнаружено не было. Но был обнаружен E.faecium, резистентный к антибактериальным препаратам фторхинолонового ряда и аминогликозидам.
За период исследования было выделено 38 штаммов бактерий рода Enterococcus из клинического материала пациентов, из них 17 штаммов резистентных к левофлоксацину (LRE), 19 штаммов резистентных к гентамицину (GRE), (Рисунок 18). Общая частота LRE за весь период исследования среди пациентов составляла 60,7 на 100 пациентов, а GRE составляла 67,9 на 100 пациентов.
С объектов внешней среды за период исследования было выделено 25 штаммов бактерий рода Enterococcus из них 18 штаммов резистентных к лево-флоксацину (LRE), 14 штаммов резистентных к гентамицину (GRE), (Рисунок 19). Общая частота LRE за весь период исследования среди объектов внешней среды составляла 13,2 на 100 исследованных объектов, а GRE составила 10,3 на 100 исследованных объектов.
Исследование точечной превалентности в отделении гемодиализа проводилось с 08 октября 2014 года по 12 ноября 2014 года. За период исследования было обследовано 36 пациентов гемо - и перитонеального диализа. Объем исследования представлен в таблице 24.
Частота колонизации пациентов бактериями рода Enterococcus на протяжении всего периода исследования составляла 85,6 на 100 пациентов.
За исследуемый период штаммов VRE обнаружено не было. Штаммов бактерий рода Enterococcus, имеющих резистентность к другим антибактериальным препаратам также обнаружить не удалось.
Некоторые литературные данные также подтверждают неоднозначность значения VRE в отделениях гемодиализа. Для хронических пациентов гемодиализа сомнительно, релевантно ли обнаружение VRE клинически. Хотя у пациентов данной категории наблюдаются высокие темпы колонизации, у них не наблюдается более высокая частота возникновения инфекции или летальность [66], [100], [109]. Однако есть данные, что некоторые штаммы VRE эндемичны для отделений гемодиализа [68]. 3.7.Отделение урологии
Отделение урологии первоначально не было включено в исследование, поэтому серия превалентных исследований в данном отделении не проводилась, но по исследованиям авторов, грамположительные микроорганизмы в 30-40% случаев являются возбудителями инфекций мочевого тракта [150]. Присоединение вну-трибольничной инфекции мочевого тракта также приводит к увеличению длительности пребывания пациента в стационаре и экономическим затратам. От 80% до 90% общего количества внутрибольничных инфекций мочевыводящих путей связаны с катетеризацией мочевого пузыря, 5-10% - с другими манипуляциями на органах мочеполовой системы [5]. Subramaniam J. с соавторами при обследовании 107 женщин с недержанием мочи на наличие бактериурии, показали, что бактерии рода Enterococcus являются причиной бактериурии в 22,3% случаев [122]. Интенсивное внедрение новых инвазивных технологий в области диагностики и лечения заболеваний мочевыводящей системы требует повышенного внимания в области инфекционного контроля за данной категорией пациентов.
Исследование проводилось с 03.03.2015 по 12.04.2016г. Микробиологическое исследование мочи проводилось при первом посещении врача (амбулаторное звено) или перед началом лечения в день поступления в стационар (стационарное звено) согласно клинико-экономическим стандартам лечения по имевшемуся заболеванию, принятых на территории РФ. Как среди пациентов амбулаторного звена, так и среди пациентов, находящихся на стационарном лечении лидирующими микроорганизмами, полученными из микробиологических исследований мочи, были бактерии рода Enterococcus (частота бактериурии составила 39,1 на 100 пациентов и 31,3 на 100 пациентов соответственно для пациентов амбулаторного и стационарного звена), (Рисунок 20, 21). За период наблюдения VRE обнаружено не было.
Среди бактерий рода Enterococcus лидировал E.faecalis. Частота бактери-урии, вызванной E.faecalis среди пациентов амбулаторного звена составляла 34,8 на 100 пациентов, среди пациентов стационара 25,8 на 100 пациентов (Рисунок 22).
Из мочи пациентов, госпитализированных в урологический стационар, были выделены штаммы бактерий рода Enterococcus с более высокой устойчивостью к препаратам фторхинолонового ряда (ципрофлоксацин – 52%, левофлоксацин – 27,4%) и имипенему – 56,4%, чем у пациентов амбулаторного звена (ципрофлок-сацин – 33,3%, левофлоксацин – 25,9%, имипенем – 25,9%). Очевидно, это связано с формированием госпитальных штаммов E.faecalis в отделении урологии, в связи с высоким применением данных антибактериальных препаратов (особенно ципрофлоксацина) в клинической практике отделения. (Рисунок 23,24).
Антибиотикорезистентность бактерий рода Enterococcus к антибактериальным препаратам выделенных из мочи пациентов урологического стационара
За период наблюдения в стационаре было выявлено два случая катетер-ассоциированной инфекции мочевыводящих путей (КА-ИМП). Первый случай был вызван E.faecalis (частота инфекции составила 1,9 на 100 пациентов), второй случай был вызван K.pneumoniae. Оба случая КА-ИМП закончились выздоровлением.
Из-за отсутствия в отделении урологии системы эпидемиологического надзора, в частности микробиологического мониторинга за циркуляцией возбудителей ИМВП, отсутствия мониторинга за катетеризированными пациентами (КА-ИМП), в отделении решено внедрить данную систему мониторинга. Система эпидемиологического надзора будет состоять из микробиологического мониторинга, а также мониторинга катетеро-дней и катетер-ассоциированных инфекций моче-выводящих путей. Микробиологический мониторинг будет проводиться за тремя группами пациентов: первая группа - пациенты, поступающие на лечение в стационар в плановом порядке для проведения оперативного лечения и симптоматической медикаментозной терапии. Данная группа пациентов должна сдавать мик 76 робиологический посев мочи в первый день госпитализации в отделение, согласно клинико-экономическим стандартам, по соответствующему диагнозу, принятым на территории РФ. Вторая группа пациентов – пациенты, поступающие на лечение с эпицистостомой или требующие наложение эпицистостомы или временного катетера. Данная группа пациентов должна обследоваться в первый день госпитализации и после снятия временного катетера (наложения эпицистостомы) перед выпиской из стационара. Третья группа пациентов – пациенты, имеющие клинические признаки инфекции мочевыводящих путей подлежат микробиологическому исследованию мочи вне зависимости от наличия/отсутствия эпицисто-стомы (временного катетера) перед назначением антибактериального препарата, далее на 5 день после начала лечения и каждые 5 дней в зависимости от длительности приема антибактериального препарата и тяжести протекания клинического процесса.
Таким образом, при исследовании точечной превалентности было выявлено три отделения высокого риска инфицирования бактериями рода Enterococcus, в частностиштаммами, резистентными к ванкомицину. Это отделение реанимации новорожденных детей ДГБ №17, отделение патологии новорожденных детей ДГБ №17 и отделение трансплантации костного мозга для подростков НИИ детской онкологии, гематологии, транспланталогии им. Р.М. Горбачевой. В дальнейшем проспективное наблюдение было установлено за пациентами данных отделений.
Проспективное наблюдение в отделениях реанимации новорожденных детей и патологии новорожденных детей
Проспективное эпидемиологическое наблюдение в отделении ТКМ проводилось с 7 апреля по 9 июля 2014 года. За этот период было обследовано 50 пациентов. Микробиологическое обследование пациентов проводилось по следующей схеме: при поступлении в отделение, а далее каждую неделю до выписки из отделения или до наступления летального исхода, исследованию подлежали смывы с кожи и слизистой оболочки ротовой полости, кал.
Частота колонизации/инфекции VRE пациентов за весь период исследования составила 18,0 на 100 пациентов, удельный вес инфекций среди колонизированных VRE пациентов, составил 2,0% [16]. VRE был выделен из клинического материала пациентов, таких как кал (частота обнаружения VRE в кале пациентов составляла 18,0 на 100 обследованных пациентов), только в одном случае VRE был выделен из образцов крови. За весь период проспективного наблюдения было диагностировано 3 случая сепсиса, вызванных бактериями рода Enterococcus, из которых, два случая были вызваны видом E.faecalis (1 закончился летальным исходом) и 1 случай сепсиса, вызванный VRE. Также было диагностировано 9 случаев инфекций мочевого тракта, из которых 4 случая были вызваны видом E.faecalis (1 летальный исход - причина реакция трансплантат против хозяина), 5 случаев были вызваны видом E.faecium (1 летальный исход - причина сепсис, вызванный K.pneumoniae).
В период госпитализации пациентов из клинического материала при поступлении были обнаружены только энтерококки, чувствительные к ванкомици-ну, затем, в течение госпитализации уже на 1 неделе были обнаружены VRE, их доля увеличивалась со временем нахождения в отделении (Рисунок 39). 50 40 30 20 Частота колонизации Динамика колонизации пациентов ванкомицинчувствительными (VSE) и ванкомицинрезистентными (VRE) штаммами Enterococcus в отделении трансплантации костного мозга для подростков за период госпитализации
Пациенты активно колонизируются VRE, начиная с 1 недели госпитализации. Со 2 недели госпитализации, далее каждую неделю дополнительно VRE колонизируются 7% пациентов и к 4 неделе пребывания уже четверть пациентов являются колонизированными VRE (Рисунок 40, 41).
После месяца пребывания пациентов в отделении 50% из них являются колонизированными или E.faecium, резистентным к ванкомицину или Гр- микрофлорой, резистентной к капбапенемам (Рисунок 42). Это свидетельствует о посто 100 янном увеличении концентрации источников инфекции с удлинением сроков госпитализации.
. Динамика превалентности колонизации пациентов ММАР (микроорганизмы с множественной антибиотикорезистентностью) в период госпитализации в отделении трансплантации костного мозга для подростков НИИ им. Р.М. Горбачевой Нами был проведен анализ результатов микробиологического обследования пациентов НИИ им. Р.М. Горбачевой за 2014 год. За изучаемый период времени были выделены 219 VSE от 116 пациентов и 32 VRE от 18 пациентов.
Чаще всего VSE выделялись из мочи пациентов, клинически выраженная инфекция мочевыводящих путей была диагностирована лишь в 9 случаях, в остальных случаях процесс протекал в виде бессимптомной бактериурии. Тогда как VRE чаще всего был обнаружен в кале (Рисунок 43, 44). Преобладание удельного веса VRE выделенного из кала пациентов также доказывает тот факт, что основной локализацией данного возбудителя является желудочно-кишечный тракт.
При анализе частоты выделения VRE в разных отделениях, обнаружилось, что основным отделением риска в НИИ является отделение реанимации (Рисунок 45). Тяжесть клинического состояния пациента, обширная антибиотикотерапия, большое количество инвазивных вмешательств являются неукоснительными факторами риска развития инфекции VRE у пациентов данного отделения.
В период проспективного наблюдения также была проведена серия исследований точечной превалентности с целью выявления колонизации пациентов VRE и выявления эпидемиологически значимых объектов внешней среды. Объем исследований представлен в таблице 30.
Общая частота контаминации объектов внешней среды составляла 5,35 на 100 исследований. Основными факторами передачи штаммов VRE являлись микроволновая печь общего использования (n=4, частота обнаружения VRE составляла 25,0 на 100 исследований), холодильники общего использования (n=6, частота обнаружения VRE составляла 16,7 на 100 исследований), а также столики для размещения внутривенных растворов в палатах пациентов (n=13, частота обнаружения VRE составляла 7,7 на 100 исследований), что подтверждает гипотезу о контактно-бытовом пути передачи VRE в отделении ТКМ.